| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 2,787,882 | +G | pseudogene (960/3090 nt) | PA14_RS13085 → | CusA/CzcA family heavy metal efflux RND transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 2,787,881 | 1 | . | G | 99.4% | 1336.2 / ‑1.1 | 346 | pseudogene (959/3090 nt) | PA14_RS13085 | CusA/CzcA family heavy metal efflux RND transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (158/186); total (159/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
CATGCTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCACGCGGTCTGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCC‑C‑A‑GGGGGTCACTGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGCATGACTAGGACAGTGCCCAC‑GTGAAGAAGAACCCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAAC > NC_008463/2787741‑2788023 | aTGCTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCC‑CAA‑GGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTgaagaag < 2:7362746/150‑1 (MQ=255) gATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCC‑CAA‑GGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcct < 2:5468100/150‑2 (MQ=255) gATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCC‑CAA‑GGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcct < 1:3518454/150‑2 (MQ=255) 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gccgTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGc > 2:5103243/4‑150 (MQ=255) cgTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGCTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCCTCCCGCTGTCGATGATGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCaa > 1:4900877/2‑150 (MQ=255) | CATGCTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCACGCGGTCTGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCC‑C‑A‑GGGGGTCACTGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGCATGACTAGGACAGTGCCCAC‑GTGAAGAAGAACCCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAAC > NC_008463/2787741‑2788023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |