| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_008463 | 5,461,039 | 0 | A | G | 33.5% | 869.9 / inf | 534 | G1272G (GGT→GGC) | PA14_RS25000 | MBG domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (196/140); new base G (97/72); total (299/235) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 540 total aligned reads displayed.
GCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTA > NC_008463/5460890‑5461188 | gCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCa > 1:3203226/1‑150 (MQ=38) ggCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGtt < 1:7834586/150‑1 (MQ=39) gCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGATg > 2:7213696/1‑150 (MQ=255) gATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAg > 1:8608861/1‑150 (MQ=39) gATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAg < 1:4792247/150‑1 (MQ=39) acaTTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACg > 2:1136912/1‑150 (MQ=39) caTTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACgc < 1:5568815/150‑2 (MQ=21) aTTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGc > 2:6287778/1‑150 (MQ=39) cagcGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACcggc > 2:8279668/1‑150 (MQ=39) gcgcCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACcggcgg > 1:9257087/1‑150 (MQ=39) ccTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGGTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGgtgt < 2:8518308/150‑1 (MQ=255) cTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTc > 2:8726873/1‑150 (MQ=255) tGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGt > 1:10018678/1‑150 (MQ=255) tGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGt > 2:771142/1‑150 (MQ=255) tGGTCATGTTATTGCGCTTGTAGATCAGGTCGTTGTTCGCGTTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACCTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGttct < 1:1038412/150‑1 (MQ=14) ggTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTCACCAGGCACAGGACACCATGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACTCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCgttgtt > 1:5729779/1‑150 (MQ=14) tCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCa < 2:3032263/150‑1 (MQ=255) aGGTTGTTGCCTTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAgg > 1:2821559/1‑150 (MQ=17) 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gTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTa > 2:2793511/1‑150 (MQ=255) tAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTat > 1:4116676/1‑149 (MQ=255) cTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTc < 2:3719966/150‑1 (MQ=255) cAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAg > 1:5907649/1‑150 (MQ=255) cAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAg < 1:6781575/150‑1 (MQ=255) ggTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGc < 2:2132471/150‑1 (MQ=255) ggTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACCGCACCGGCGGTCTCGCCGTTCTTCAGGCCACTGACTTGGTAGGTCAGGc > 2:6774255/1‑150 (MQ=14) gTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCt < 1:9611467/150‑1 (MQ=255) gTTCGCGCTGACCAGTCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCTTACTCGCCGACATTCTCGCCAGACACTCGTCCCAGGCTGCCCCCCTTGAGCACGGCTCCTGCGGTTTCGCCCTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTc < 2:8034784/150‑1 (MQ=14) ttgctgcTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCg > 2:2014523/6‑150 (MQ=2) 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ttCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGcc < 1:9392531/150‑1 (MQ=255) tctcGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCt < 2:6507631/150‑1 (MQ=255) tctcGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCt < 2:6929319/150‑1 (MQ=255) tctcGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGAGCCt > 1:4885579/1‑150 (MQ=255) ctcGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCtt < 1:9168817/150‑1 (MQ=37) ctcGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCtt > 2:3401906/1‑150 (MQ=17) tcGCCAGCCACGCGTCTCAGGCTGCCCCCGTTGAGCACGGCCCCCGCGGTTTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTg < 2:3225280/150‑1 (MQ=14) cGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTgg > 1:1965350/1‑150 (MQ=37) cGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTgg < 1:10531697/150‑1 (MQ=255) ccagccaCGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTg > 1:1791428/1‑150 (MQ=37) ccagccaCGCGGCTCAGGCTGCCACCTTAGAGCACCTCACCGGCGGTCACGCCTGTCATCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCGGGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCTGCAGGGCCTTGGTg > 1:8406956/1‑150 (MQ=14) agccaCGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGt > 1:4494419/1‑139 (MQ=25) aCGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTc > 1:4302927/1‑150 (MQ=17) aCGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCg < 1:10241052/87‑1 (MQ=38) aCGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGATCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTc < 2:5799129/150‑1 (MQ=255) cgGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAgg < 1:7999436/150‑1 (MQ=255) gtcTCAGGCTGCCTCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTTTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGgt < 1:762464/148‑1 (MQ=255) ggCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGGTCCTTGGTGATGGTCAGgt > 1:8516537/1‑150 (MQ=255) tCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCtt < 2:9079955/103‑1 (MQ=25) cAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCTTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGgttatt < 2:9867898/150‑1 (MQ=12) cACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGt < 2:10587985/150‑1 (MQ=255) | GCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTA > NC_008463/5460890‑5461188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |