| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 933,083 | C→T | G248S (GGC→AGC) | PA14_RS04350 ← | class C beta‑lactamase PDC‑34 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_008463 | 933,083 | 0 | C | T | 99.1% | 1861.1 / NA | 452 | G248S (GGC→AGC) | PA14_RS04350 | class C beta‑lactamase PDC‑34 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (199/249); minor base G (2/2); total (201/251) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 455 total aligned reads displayed.
CCAGGCCCTGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATTGCTGCTCCATGAGCC > NC_008463/932936‑933229 | ccagGCCCTGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCttt < 2:7339364/150‑1 (MQ=255) ggCCCTGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCgg < 2:9448195/150‑1 (MQ=255) ggCCCTGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCgg > 2:8575668/1‑150 (MQ=255) cccTGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCa > 2:5368258/1‑150 (MQ=255) cccTGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCa < 2:7803032/150‑1 (MQ=255) ccTGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCAt < 2:5122200/150‑1 (MQ=255) tGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATcc < 1:3431187/150‑1 (MQ=255) tGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATcc < 2:3407933/150‑1 (MQ=255) tGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATcc < 2:4449258/150‑1 (MQ=255) gggTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCa < 1:6119615/150‑1 (MQ=255) gggTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCa < 1:277758/150‑1 (MQ=255) ggTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAg < 1:6846914/150‑1 (MQ=255) gTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGc < 1:10043346/150‑1 (MQ=255) aTGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCggg < 2:5906663/150‑1 (MQ=255) tGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGc < 1:4492541/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGcc < 2:7555336/150‑1 (MQ=255) tCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCg < 2:2513992/150‑1 (MQ=255) tCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCg > 2:6003430/1‑150 (MQ=255) 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aTGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGCCCCGTAGCGGGCGgtc > 2:9522262/1‑150 (MQ=255) aTGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGCCCCGTAGCGGGCGgtc > 1:1765997/1‑150 (MQ=255) tGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCGTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGCCCCGGAGCGGGCGgtcg < 1:4138844/150‑1 (MQ=255) tGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGCCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCt < 2:850374/150‑1 (MQ=255) gCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGCCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTg > 2:889809/1‑150 (MQ=255) 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agGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGt > 2:2029461/1‑150 (MQ=255) cGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCg > 2:2942424/1‑150 (MQ=255) gCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCCTCCAGCGGGCCGGGACCGCCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCggg < 2:6269891/150‑1 (MQ=255) gCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGCCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCggg < 2:10658277/150‑1 (MQ=255) ccGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGa > 1:2434829/1‑150 (MQ=255) 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cTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGACCAAt > 2:8001760/1‑150 (MQ=255) cTGGTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAAt < 2:2992154/150‑1 (MQ=255) gTCTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATtgc < 2:5332448/150‑1 (MQ=255) cTTCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGCCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATtgctg < 1:5890512/150‑1 (MQ=255) ttCACCCCGTAGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGCCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATtgctgc < 2:4795762/150‑1 (MQ=255) 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aGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGCCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATTGCTGCTCCATGAGcc < 2:3902119/150‑1 (MQ=255) aGCTTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATTGCTGCTCCATGAGcc < 2:10292504/150‑1 (MQ=255) | CCAGGCCCTGGGTCATGTCGCCGACCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATTGCTGCTCCATGAGCC > NC_008463/932936‑933229 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |