Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_008463 | 2,158,823 | G→C | Y90* (TAC→TAG) | dacB ← | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase/D‑alanyl‑D‑alanine‑endopeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 2,158,823 | 0 | G | C | 98.6% | 1082.1 / NA | 290 | Y90* (TAC→TAG) | dacB | D‑alanyl‑D‑alanine carboxypeptidase/D‑alanyl‑D‑alanine‑endopeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (120/166); minor base A (3/1); total (123/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GGTCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAACAGCCAGAGCTTCTCCATGTTCAGTTTCGGATCGCCGCCGCCCTTGAGGTAGAGGTTGCCGTTGAGCACTCCGTTCTTGAGCTGGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTCTTCCACTGGTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGATCGTTGCCGGTC > NC_008463/2158676‑2158970 | ggTCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAACAGCCAGAGCTTCTCCATGTTCAGTTTCGGATCGCCGCCGCCCTTGAGGTAGAGGTTGCCGTTGAGCACTCCGTTCTTGAGCTGGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTCTTCCACTGCTAg > 2:4310621/1‑151 (MQ=255) tCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAACAGCCAGAGCTTCTCCATGTTCAGTTTCGGATCGCCGCCGCCCTTGAGGTAGAGGTTGCCGTTGAGCACTCCGTACTTGAGCTGGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTCTTCCACTGCTAGGt < 2:3166620/151‑1 (MQ=255) aCGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAACAGCCAGAGCTTCTCCATGTTCAGTTTCGGATCGCCGCCGCCCTTGAGGTAGAGGTTGCCGTTGAGCACTCCGTTCTTGAGCTGGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTCTTCCACTGCTAGGTCg < 1:6707597/151‑1 (MQ=255) 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ggCCGTCGGTGTAGAACTCGGTCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAAt < 2:7790364/151‑1 (MQ=255) gCCGTCGGTGTAGAACTCGGTCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATc < 1:2280959/151‑1 (MQ=255) ccGTCGGTGTAGAACTCGGTCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCa > 1:1998280/1‑151 (MQ=255) gTCGGTGTAGAACTCGGTCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGGTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGc > 2:10582880/1‑151 (MQ=255) gTCGGTGTAGAACTCGGTCTTCCACTGCTAGGTAGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATGGGTGGTGAACAGCTTCGTGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATTCGTCGGCGGTGTAGGAGGGGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCTGc > 2:908174/1‑151 (MQ=255) tAGAACTCGGTCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCg < 2:4938087/151‑1 (MQ=255) aaCTCGGTCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGCACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACa < 2:2519760/151‑1 (MQ=255) cTCGGTCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGa > 1:5228394/1‑151 (MQ=255) tCGGTCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGAt > 1:8788275/1‑151 (MQ=255) cGGTCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGATc < 2:8970925/151‑1 (MQ=255) tCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCTTTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGATCGtt < 1:6418352/151‑1 (MQ=255) tCTTCCACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTGGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGATCGtt > 1:6042608/1‑151 (MQ=255) ccACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGATCGTTGCCg > 1:30285/1‑151 (MQ=255) cACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGATCGTTGCCgg > 2:1783067/1‑151 (MQ=255) cACTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGATCGGTGCCgg > 2:1794242/1‑151 (MQ=255) aCTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGATCGTTGCCGGt > 1:4759383/1‑151 (MQ=255) aCTGCTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGATCGTTGCCGGt > 1:6214033/1‑151 (MQ=255) | GGTCACGCCATTGGCGCGCAGGTCACGCATCAACAGCCAGAGCTTCTCCATGTTCAGTTTCGGATCGCCGCCGCCCTTGAGGTAGAGGTTGCCGTTGAGCACTCCGTTCTTGAGCTGGCCGTCGGTGTAGAACTCGGTCTTCCACTGGTAGGTCGGGCCGAGCATTTCCAGGGCGGCATAGGTGGTGAACAGCTTCATGGTCGAGGCCGGGTTCACCGATACGTCGGCGTTGTAGTAGGTGGGGTTGCCCGGGCCGTCGAGCGGAATCAGCACCAGCGACAGATCGTTGCCGGTC > NC_008463/2158676‑2158970 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |