| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_008463 | 4,167,196 | Δ1 bp | intergenic (+41/‑131) | PA14_RS19010 → / → PA14_RS19015 | VOC family protein/MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_008463 | 4,167,194 | 0 | G | . | 98.5% | 1908.0 / 15.2 | 397 | intergenic (+39/‑133) | PA14_RS19010/PA14_RS19015 | VOC family protein/MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/5); new base . (151/240); total (152/245) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 409 total aligned reads displayed.
GGCGGCTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGCGGGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATGCCATCCTCGCC > NC_008463/4167045‑4167340 | ggcggcTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATcggcgg < 2:6725523/151‑1 (MQ=255) gcggcTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATcggcggc < 2:8577616/151‑2 (MQ=255) cTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGc‑ggcgggc > 1:260869/1‑151 (MQ=255) tCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGcc < 1:11497167/151‑1 (MQ=255) cGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGccc > 1:10969513/1‑151 (MQ=255) cGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGccc > 1:4078253/1‑151 (MQ=255) gTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCcgc > 1:6541702/1‑151 (MQ=255) tCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGGTCACCGACCGCTACGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCcgcg < 2:9398365/151‑1 (MQ=255) cAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGtt > 2:5900669/1‑151 (MQ=255) aGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTc > 1:5429319/1‑151 (MQ=255) aGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTc < 2:2574112/151‑1 (MQ=255) aTGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCg < 1:1764546/151‑1 (MQ=255) gCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCt > 2:2323925/1‑151 (MQ=255) 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cgccgcCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTc < 1:220170/151‑1 (MQ=255) cgccAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCa < 1:10273061/151‑1 (MQ=255) gccAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCAt > 1:8265395/1‑151 (MQ=255) cAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgc < 2:3544522/151‑1 (MQ=255) cAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgc > 1:2494792/1‑151 (MQ=255) 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aaTCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATATACGCACTGCCGCGATACTTTAAGTTGCATTTTCAAACCAAAATACCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGCAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgccatcctcg > 2:9629485/1‑151 (MQ=255) tCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgccatcctcgcc > 1:6607119/1‑151 (MQ=255) | GGCGGCTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGCGGGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATGCCATCCTCGCC > NC_008463/4167045‑4167340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |