Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_008463 | 3,688,136 | 0 | T | G | 25.6% | 845.5 / 23.0 | 295 | S168A (TCG→GCG) | folD | bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase FolD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/170); new base G (68/0); total (124/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-41 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
AAGGACGTGGACGGTTTCCATCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCTGCA‑CCGTCACCGTGACCCACCGCTTCACCCGCGACCTGGCCGACCATGTGTCGCGCGCCGACCTGGTGGTGGTCGCTGCCGGCAAGCCGGGACTGGTCAAGG > NC_008463/3687986‑3688286 | aaGGACGTGGACGGTTTCCATCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCt < 1:6596203/151‑1 (MQ=255) cGTGGACGGTTTCCATCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCGC‑G‑TAc > 2:7125060/1‑151 (MQ=255) cGTGGACGGTTTCCATCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGGGGCGCCAC‑gccc > 1:9104898/1‑148 (MQ=255) gTGGACGGTTTCCATCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACa < 2:4139184/151‑1 (MQ=255) ggACGGTTTCCATCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACAtc < 1:10631873/151‑1 (MQ=255) ggACGGTTTCCATCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACAtc < 2:2510362/151‑1 (MQ=255) aCGGTTTCCATCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGGGGGGCCGC‑G‑aaaaacct > 1:2442405/1‑145 (MQ=255) cGGTGTCCATCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACAtcgtc < 2:7703432/151‑1 (MQ=255) tttCCATCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCGC‑G‑AACAACCTcgg‑c > 2:6766062/1‑151 (MQ=255) aTCCCTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGGGGCGCCGC‑G‑CACAACGTCgg‑ccggcc > 2:5899582/1‑151 (MQ=255) tcacTACAACCTCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCCCCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGccc < 2:10462783/148‑1 (MQ=255) cccTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCGG‑G‑AACATAGTCGG‑CCGGCCCa > 1:858648/1‑151 (MQ=255) cTACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGCAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGAGCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGCCGCGACGA‑G‑AACCTAGTAGG‑CCCGGCCATg > 2:4734612/1‑151 (MQ=255) tACAACATCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATgg < 1:8208286/151‑1 (MQ=255) caacaTCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTGGGGGCCCC‑G‑AACAACGGCGG‑GCCGCCCAAGGcg > 1:9343774/1‑150 (MQ=255) caacaTCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGct < 1:5993957/151‑1 (MQ=255) aacaTCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTGGGCGGCGC‑G‑AACAACGTCGG‑CCGGCCCAAGGcgc > 2:2660993/1‑149 (MQ=255) aacaTCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCAC‑G‑AACCTAGTAGG‑CCCGCCCATGGcgc > 2:852666/1‑149 (MQ=255) aacaTCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGCGGCGCCGC‑G‑AACAACGGCGG‑CCGGccccagggtg > 2:6114767/1‑144 (MQ=255) acaTCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACAACCTCGG‑CCGGCCCCAGGctct > 2:11191906/1‑151 (MQ=255) tCGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTGGGCGCCGC‑G‑AACATCGTCGG‑CCCGCCCATGGGTCTGGa > 2:5360490/1‑151 (MQ=255) cGGCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCGC‑G‑CACAGCGGCGG‑CCCGCCCATGGctcgtgtg > 2:6845036/1‑146 (MQ=255) ggCCGCCTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGt < 1:2561684/151‑1 (MQ=255) 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ccTGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGGGGGGCCGC‑C‑GACATCGTCGG‑GCCGCCCCTGGGGCGGGAGTtgggg > 2:3952836/1‑148 (MQ=255) tGGCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTgctgct < 1:1466325/151‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTgg < 2:11478391/151‑1 (MQ=255) gCCCAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGGGGCGGCGCGG‑ACCAACG‑CGG‑CCGGCCCCTGGCGCTGGAGgtggtggggg > 2:2988967/1‑147 (MQ=255) cccAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTggg < 1:2800805/151‑1 (MQ=255) cccAGCGCATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGGGGCGCCGC‑C‑CACAAAGTCGG‑CCGGCCCCAGGCGCTGGGGTTGCTGGTggg > 1:1699013/1‑151 (MQ=255) gcgcATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGc < 1:7713227/151‑1 (MQ=255) gcgcATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGc < 1:5691098/151‑1 (MQ=255) cgcATGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCt < 1:5288364/151‑1 (MQ=255) aTGCCCCTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTGGGCGCCAC‑G‑AAAAAAGTCGG‑CCGGCCCCAGGCGCTGGAGTTTGTGCTGGGTGGCTGca > 2:1476204/1‑151 (MQ=255) cccTGCTGCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCTGca‑ccgt < 1:8419242/151‑1 (MQ=255) ctgctgCGCCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCGC‑GTAACA‑GGTCGG‑GCGGCCCCGGGGGCAGGTGTTTCTGGGGGGGGGCTGga‑ccgaca > 2:332144/1‑151 (MQ=255) gcCCCTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGCGGCGCCAC‑G‑AACAAAGTCGG‑CCGGCCCAAGGCTCAGGAGTTGCTGCGGGGTTGCTGca‑acctcaaccggac > 2:10099537/1‑144 (MQ=255) ccccTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCTGCA‑CCGTCACCGTGAcc < 2:1632531/151‑1 (MQ=255) ccTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCTGCA‑CCGTCACCGTGACCCa < 2:11036111/151‑1 (MQ=255) ccTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGGGGGGCCGG‑G‑AACCACCTCGG‑CCCGCCCCCGGCGCGGGAGGTGGTGGGGGGGGGGTGGT‑CCGGCACCCAGAcccc > 1:4092823/1‑150 (MQ=255) ccTGCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGGGGGCGCCGC‑G‑AACAACTGCGG‑GCGGCCCATGGCGATGGAGTTGGTGCTGGGTGGCGGCA‑CCGTCAACGTGGCCCa > 2:560319/1‑151 (MQ=255) gCACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCTGCA‑CCGTCACCGTGACCCACCg < 2:879124/151‑1 (MQ=255) cACCCCGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTGGGCGCCGC‑G‑CACAACGGCGG‑CGCGCCCAAGGGTCTGGGGTGTGTGCGGGGTGGGGGGA‑GCGGGACCCGGACCCACCGc > 1:11390193/1‑151 (MQ=255) ccccGAAAGGCATCATGACCCTGCTCGCCAGCACCGGCGCCGACCTGTACGGCATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCAC‑G‑CACAACGTCGG‑CCGGCCCCAGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGGGGCTGCA‑CCCGCACCGGGACCCCCCGcgt > 2:7640353/1‑149 (MQ=255) 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cATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCTGCA‑CCGTCACCGTGACCCACCGCTTCACCCGCGACCTGGCCGACCATGTGTCGCGCGCCGACCTGGTGGTGGTCGCt < 1:10011539/151‑1 (MQ=255) cATGGACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCTGCA‑CCGTCACCGTGACCCACCGCTTCACCCGCGACCTGGCCGACCATGTGTCGCGCGCCGACCTGGTGGTGGTCGCt < 1:5027057/151‑1 (MQ=255) gACGCGGTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCTGCA‑CCGTCACCGTGACCCACCGCTTCACCCGCGACCTGGCCGACCATGTGTCGCGCGCCGACCTGGTGGTGGTCGCTGCCg < 2:7059084/151‑1 (MQ=255) gTCGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCTGCA‑CCGTCACCGTGACCCACCGCTTCACCCGCGACCTGGCCGACCATGTGTCGCGCGCCGACCTGGTGGTGGTCGCTGCCGGCAAGc > 2:11676340/1‑151 (MQ=255) gcGTGGTCGGCGCCTC‑G‑AACATCGTCGG‑CCGGCCCATGGCTCTGGAGTTGCTGCTGGGTGGCTGCA‑CCGTCACCGTGACCCACCGCTTCACCCGCGACCTGGCCGACCATGTGTCGCGCGCCGTCCGGGTGGTGGTCGCTGCCGGCAAGcc > 1:6379426/2‑151 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |