| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 1,280,717 | (C)6→5 | intergenic (‑46/+41) | PA14_RS06005 ← / ← PA14_RS06010 | DUF4345 domain‑containing protein/M23 family metallopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_008463 | 1,280,712 | 0 | C | . | 99.6% | 2762.1 / 0.4 | 562 | intergenic (‑41/+46) | PA14_RS06005/PA14_RS06010 | DUF4345 domain‑containing protein/M23 family metallopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base . (313/246); minor base T (1/1); total (314/248) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 587 total aligned reads displayed.
TCGCCGCTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGCCCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGGCGC > NC_008463/1280562‑1280858 | ccgcTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGcccc > 1:4613501/1‑151 (MQ=255) cgcTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccc > 2:66107/1‑151 (MQ=255) cTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccctg < 2:8371945/151‑3 (MQ=255) 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tCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCg < 2:5529181/151‑1 (MQ=255) tGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTg > 2:6648587/1‑151 (MQ=255) tGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTg > 1:2755222/1‑151 (MQ=255) gAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCACAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCTGTgg < 1:6986620/151‑1 (MQ=255) aaaGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGc > 2:9365442/1‑151 (MQ=255) aaaGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGc > 1:10538780/1‑151 (MQ=255) aaGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGcc > 2:10549993/1‑151 (MQ=255) aGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGccc < 1:9886730/151‑1 (MQ=255) ggggCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCt < 2:3393637/151‑1 (MQ=255) ggggCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCt > 1:1769254/1‑151 (MQ=255) ggggCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCt < 2:1650780/151‑1 (MQ=255) gcATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCgg > 1:3535417/1‑151 (MQ=255) cATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGt > 1:8160639/1‑151 (MQ=255) cGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGgc > 1:3224870/1‑151 (MQ=255) cGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGgc < 1:1323321/151‑1 (MQ=255) gACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGgcg < 2:9835307/151‑1 (MQ=255) aCGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGgcgc > 2:4904252/1‑151 (MQ=255) | TCGCCGCTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGCCCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGGCGC > NC_008463/1280562‑1280858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |