| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 1,026,742 | G→T | G113C (GGC→TGC) | mpl → | UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanyl‑gamma‑D‑glutamyl‑ meso‑diaminopimelate ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 1,026,742 | 0 | G | T | 99.2% | 2083.5 / NA | 490 | G113C (GGC→TGC) | mpl | UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanyl‑gamma‑D‑glutamyl‑ meso‑diaminopimelate ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (270/216); minor base A (2/2); total (272/218) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 490 total aligned reads displayed.
CCTGGTAGTGATCGGCAACGCCCTGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACGGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCGGCATGAGCCCGGGCTTCCTGATCGGCGGGGTGCCGCAGAACTTCGGGGTTTCGGCGCGCCTGGGCGGTACGCCGTTCTTCGTGGTCGAGGCCGACGAGT > NC_008463/1026594‑1026889 | ccTGGTAGTGATCGGCAACGCCCTGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGc < 2:7644899/151‑1 (MQ=255)ccTGGTAGTGATCGGCAACGCCCTGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGCGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGc < 2:10849742/151‑1 (MQ=255) aTCGGCAACGCCCTGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGaccacca > 2:1879999/1‑151 (MQ=255) aTCGGCAACGCCCTGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGaccacca > 1:10384264/1‑151 (MQ=255) aTCGGCAACGCCCTGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGATGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGaccacca > 1:3504047/1‑151 (MQ=255) cGGCAACGCCCTGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGaccaccacc > 1:5255902/1‑151 (MQ=255) cAACGCCCTGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGaccaccaccacc > 1:285472/1‑151 (MQ=255) cGCCCTGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGc > 1:3753387/1‑151 (MQ=255) tGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCt > 1:3605418/1‑151 (MQ=255) tCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCg > 2:8540269/1‑151 (MQ=255) gcgcgGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGcc > 2:169216/1‑151 (MQ=255) cgcgGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCt > 2:280247/1‑151 (MQ=255) cgcgGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCt < 1:1081823/151‑1 (MQ=255) cgcgGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCt > 2:7484649/1‑151 (MQ=255) gcgGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTg > 1:2010692/1‑151 (MQ=255) ggCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTggg > 1:8739048/1‑151 (MQ=255) ggCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTggg > 2:11145602/1‑151 (MQ=255) gCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGt > 1:7518681/1‑151 (MQ=255) ccagccGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTgggac < 1:3029737/147‑3 (MQ=255) cAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCAAGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTTGCGGTGGCCGGTACCCACTGAAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGtg < 2:1196231/151‑2 (MQ=255) aaTCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTcc < 1:9134595/151‑1 (MQ=255) aaTCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTcc > 2:10981225/1‑151 (MQ=255) aaTCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTcc > 1:11113267/1‑151 (MQ=255) 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ggTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCAc > 2:738672/1‑151 (MQ=255) ggTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCAc > 2:8366332/1‑151 (MQ=255) gAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCg < 1:8918432/151‑1 (MQ=255) gAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCg > 1:9321182/1‑151 (MQ=255) cATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCGGCa > 1:8999979/1‑151 (MQ=255) 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cACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCGGCATGAGCCCGGGCTTCCTGATCGGCGGGGTGCCGCAGAACTTCGGGGTTTCGgcgc > 2:5682336/1‑151 (MQ=255) aCGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCGGCATGAGCCCGGGCTTCCTGATCGGCGGGGTGCCGCAGAACTTCGGGGTTTCGgcgcg < 1:2306843/151‑1 (MQ=255) tgctgcAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGGACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCTTGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCGGCATGAGCCCGGGCTTCCTGATCGGCGGGGTGCCGCAGAACTTCGGGGTTTCGGCGCGCCt < 1:2423175/151‑1 (MQ=255) ctgcAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCGGCATGAGCCCGGGCTTCCTGATCGGCGGGGTGCCGCAGAACTTCGGGGTGTCGGCGCGCCTgg > 1:9538201/1‑151 (MQ=255) aGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCGGCATGAGCCCGGGCTTCCTGATCGGCGGGGTGCCGCAGAACTTCGGGGTTTCGGCGCGCCTGGGCGGt > 2:486653/1‑151 (MQ=255) 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ccACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCGGCATGAGCCCGGGCTTCCTGATCGGCGGGGTGCCGCAGAACTTCGGGGTTTCGGCGCGCCTGGGCGGTACGCCGTTCTTCGTGGTCGAGGCCGACGAg < 2:5035157/151‑1 (MQ=255) cACTGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCGGCATGAGCCCGGGCTTCCTGATCGGCGGGGTGCCGCAGAACTTCGGGGTTTCGGCGCGCCTGGGCGGTACGCCGTTCTTCGTGGTCGAGGCCGACGAGt < 2:154380/151‑1 (MQ=255) | CCTGGTAGTGATCGGCAACGCCCTGTCGCGCGGCAATCCGGCGGTGGAGCATGTCCTGAACAAGGGCCTGCCCTACGTTTCCGGCCCGCAGTGGCTGGCCGACCACGTGCTGCAAGGACGCTGGGTGCTGGCGGTGGCCGGTACCCACGGCAAGACCACCACCACCAGCATGCTCGCCTGGGTCCTGGAGCACGCCGGCATGAGCCCGGGCTTCCTGATCGGCGGGGTGCCGCAGAACTTCGGGGTTTCGGCGCGCCTGGGCGGTACGCCGTTCTTCGTGGTCGAGGCCGACGAGT > NC_008463/1026594‑1026889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |