Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_008463 | 933,109 | 0 | A | G | 71.9% | 820.3 / inf | 528 | V239A (GTC→GCC) | PA14_RS04350 | class C beta‑lactamase PDC‑34 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/80); new base G (181/197); total (249/279) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 540 total aligned reads displayed.
CCTTGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATTGCTGCTCCATGAGCCGTTCGAACGGCTGGCCCAGGCTGCGCG > NC_008463/932960‑933256 | ttGTAGTAACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGccc > 1:6694442/1‑151 (MQ=255) gtagtaCCCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGGTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCGTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCCGCGGGCCGGGCCCGGCCCGt > 2:422670/1‑151 (MQ=255) taACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAgcg > 2:7721825/1‑151 (MQ=255) taACCGCGATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAgcg < 2:885363/151‑1 (MQ=255) cctcgATGGGTGGCATAGTGCGCCGGCGCCCAGGGCCTGTCCCGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACCTAGCGCGGCAGGTCGGCCGCGCTCGTCTTCACCCCGAAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGCCCGGCCCGGAgcgggc > 2:7209183/4‑151 (MQ=255) gcgATGGGTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAgcgggcgg < 1:2238846/151‑1 (MQ=255) gggTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGgtcgtc < 2:1673385/151‑1 (MQ=255) gTGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCt < 1:5957777/151‑1 (MQ=255) tGGCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGTATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCtt < 1:6879173/151‑1 (MQ=255) ggCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTg > 2:9917204/1‑151 (MQ=255) ggCATCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTg < 2:3477992/151‑1 (MQ=255) aTCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGCTGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGGCGTCCTTGCCg > 1:9168033/1‑151 (MQ=255) aTCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCg > 1:9288966/1‑151 (MQ=255) aTCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCg > 1:8566112/1‑151 (MQ=255) tCGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGt < 2:10257610/151‑1 (MQ=255) cGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTa < 2:9011897/151‑1 (MQ=255) cGAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTa < 2:8557749/151‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCAGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAg > 2:4807131/1‑151 (MQ=255) 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cTGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTgg > 1:5812881/1‑151 (MQ=255) tGCGCCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTggg > 1:4295758/1‑151 (MQ=255) gcgcCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGc < 2:2200034/151‑1 (MQ=255) cgcCCAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACAGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCg > 2:4119776/1‑151 (MQ=255) cccAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTa < 1:724009/151‑1 (MQ=255) ccAGGGCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTAc < 1:805433/151‑1 (MQ=255) ggCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTgcg > 1:9566052/1‑151 (MQ=255) gCCTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTgcgc > 1:7131799/1‑151 (MQ=255) ccTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGcc > 1:3903047/1‑151 (MQ=255) cTGTCCAGGCGCTCCGGATGCAGGTTGGCATCGACGAAGCGCAGCAGGTCGGCCGCGCTGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCa < 2:3881031/151‑1 (MQ=255) 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tGGTCTTCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGACCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATtg < 2:8275122/151‑1 (MQ=255) tCACCCCGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCCGTGCCGGGAACAATTGCTGCTc > 2:275762/1‑151 (MQ=255) cGTAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTGGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATTGCTGCTCCATGAg < 1:6019868/151‑1 (MQ=255) tAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATTGCTGCTCCATGAGcc < 1:7816053/151‑1 (MQ=255) tAGCCTTCGGCATCCAGCGGGCCGGGACCGGCCCGTAGCGGGCGGTCGTCCTTGCCGTAGCCCTGGGCGTACTGCGCCAGCGCCGCCTCGGGCACGTCGAGGTGGGTCTGTTCGAGGCCCAGTGCCGGGAACAATTGCTGCTCCATGAGcc < 2:9265956/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |