| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_008463 | 4,143,572 | 0 | T | C | 29.1% | 702.8 / 294.0 | 335 | I391T (ATC→ACC) | PA14_RS18895 | phospholipase D‑like domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (117/119); new base C (50/47); total (168/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
AGCAATGGTGGGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAGTGCGCAATGAGCTTGAGGCGCTTATGCAGCGCTCCTTGTTCTCCTATGGTGTTGCGCAGCGAACAGGTGGTCTCTCCGTCACGAAGCCTGATGGAAGTGTCGGCCTGCTTCCCTTTGCATACCTCGGAGAAACCG > NC_008463/4143422‑4143721 | aGCAATGGTGGGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACAt < 1:7136540/151‑1 (MQ=255) cAATGGTGGGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATcc > 1:84749/1‑151 (MQ=255) aaTGGTGGGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCt < 1:8212791/151‑1 (MQ=255) aaTGGTGGGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCt < 2:1375757/151‑1 (MQ=255) aaTGGTGGGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCt < 1:2769591/151‑1 (MQ=255) aaTGGTGGGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGGTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCt > 1:2788868/1‑151 (MQ=255) tggtggGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCa > 2:3923995/1‑151 (MQ=255) gtggGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACACCCTCaaa < 1:5901148/151‑1 (MQ=255) tggGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCACTTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACACCCTCAAAg > 2:3335461/1‑151 (MQ=255) cgttcgtGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACACCCTCAAAGGcaca < 1:2538810/151‑1 (MQ=255) gttcgtGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAg < 1:5338385/151‑1 (MQ=255) gttcgtGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACACCCTCAAAGGCACAg > 1:4619171/1‑151 (MQ=255) cgtGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAGTgc < 1:3037710/151‑1 (MQ=255) gtGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAGTgcg > 1:10560982/1‑151 (MQ=255) gtGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAGTgcg > 2:5634088/1‑151 (MQ=255) gtGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAGTgcg < 2:6924366/151‑1 (MQ=255) tgatgaACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAGTgcgc < 1:1287292/151‑1 (MQ=255) aCCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAGTGCGCAATGAg < 1:8659711/151‑1 (MQ=255) 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tCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAGTGCGCAATGAGCTTGAGGCGCTTATGCAGCGCTCCTTGTTCTCCTATGGTGTTGCGCAGCGAACAGGTGGTCTCTCCGTCACGAAGCCTGATGGAAGTGTCGGCCTGCTTCCCTTTg > 2:6638326/1‑151 (MQ=255) tCGGTGGTATTCCTGAACACCCTCAAAGGCACAGTGCGCAATGAGCTTGAGGCGCTTATGCAGCGCTCCTTGTTCTCCTATGGTGTTGCGCAGCGAACAGGTGGTCTCTCCGTCACGAAGCCTGATGGAAGTGTCGGCCTGCTTCCCTTTg > 2:8369806/1‑151 (MQ=255) ggtggtATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAGTGCGCAATGAGCTTGAGGCGCTTATGCAGCGCTCCTTGTTCTCCTATGGTGTTGCGCAGCGAACAGGTGGTCTCTCCGTCACGAAGCCTGATGGAAGTGTCGGCCTGCTTCCCTTTGCa > 2:10753361/1‑151 (MQ=255) tggtATTCCTGAACACCCTCAAAGGCACAGTGCGCAATGAGCTTGAGGCGCTTATGCAGCGCTCCTTGTTCTCCGATGGTGTTGCGCAGCGAACAGGTGGTCTCTCCGTCACGAAGCCTGATGGAAGTGTCGGCCTGCTTCCCTTTGCATa > 1:7308617/1‑151 (MQ=255) gtATTCCTGAACACCCTCAAAGGCACAGTGCGCAATGAGCTTGAGGCGCTTATGCAGCGCTCCTTGTTCTCCTATGGTGTTGCGCAGCGAACAGGTGGTCTCTCCGTCACGAAGCCTGATGGAAGTGTCGGCCTGCTTCCCTTTGCATAcc > 2:174500/1‑151 (MQ=255) 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tGAACATCCTCACCGGCACAGTGCGCAATGAGCTTGAGGCGCTTATGCAGCGCTCCTGGTTCTCCTATGGTGTTGCGCAGCGAACAGGTGGTCTCTCCGTCACGAAGCCTGATGGAAGTGTCGGCCTGCTTCCCTTTGCATCCCTCGgaga < 2:595679/151‑1 (MQ=255) gAACATCCTCAAAGGCACAGTGCGCAATGAGCTTGAGGCGCTTATGCAGCGCTCCTTGTTCTCCTATGGTGTTGCGCAGCGAACAGGTGGTCTCTCCGTCACGAAGCCTGATGGAAGTGTCGGCCTGCTTCCCTTTGCATACCTCGGAGaa > 2:3603667/1‑151 (MQ=255) | AGCAATGGTGGGTCGTTCGTGATGAACCCGAATCGCGAGTGTCCCTATGCTTCTCTCCACACACGGATAGTGGCCTGTCACTAGACCCGGTCGCTGATGCAATTGCGCAAGCCGACAGCTCAGTTCTGTATTCGGTGGTATTCCTGAACATCCTCAAAGGCACAGTGCGCAATGAGCTTGAGGCGCTTATGCAGCGCTCCTTGTTCTCCTATGGTGTTGCGCAGCGAACAGGTGGTCTCTCCGTCACGAAGCCTGATGGAAGTGTCGGCCTGCTTCCCTTTGCATACCTCGGAGAAACCG > NC_008463/4143422‑4143721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |