| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_008463 | 5,461,135 | 0 | A | G | 33.7% | 533.6 / inf | 521 | D1240D (GAT→GAC) | PA14_RS25000 | MBG domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (136/199); new base G (87/83); total (229/292) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 527 total aligned reads displayed.
CTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGGCCGCCGCCA > NC_008463/5460985‑5461285 | cTGGTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCa > 1:377004/1‑151 (MQ=18)cTGGTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCa < 1:5278533/151‑1 (MQ=18)cTGGTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCa < 1:1881858/151‑1 (MQ=18) ggTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTc > 1:2070297/1‑151 (MQ=38) ggTTGATGCCATACACACCCACGTTCTCGCCAGCCACGCGACTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATc < 1:7162627/151‑1 (MQ=255) gTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCg < 1:10254708/151‑1 (MQ=18) gTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCg < 2:135495/151‑1 (MQ=38) ttGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCgg < 1:8168303/151‑1 (MQ=18) tGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGc < 2:2829562/151‑1 (MQ=18) tGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGc < 2:7916934/151‑1 (MQ=38) aTGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCTTCGGCGa > 2:2603586/1‑151 (MQ=38) tGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGAt > 1:7472801/1‑151 (MQ=18) gCCGTACAAGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCTCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATc < 1:8405591/151‑1 (MQ=255) ccGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATca < 1:4670539/151‑1 (MQ=38) ccGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTcagca < 1:3066099/151‑1 (MQ=18) cGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTcagcag > 2:4883815/1‑151 (MQ=38) gACCTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCTCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGt < 1:8830496/151‑1 (MQ=255) gttCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGAGcc > 1:1314175/2‑151 (MQ=18) 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cGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTc < 2:7818644/151‑1 (MQ=31) aTCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGAt < 2:6033302/57‑1 (MQ=35) tCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGAt < 2:4556237/56‑1 (MQ=35) cGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGGTTTCGACGGAGac > 1:5903528/1‑151 (MQ=14) gTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGACAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTATCGCCGGAcaca > 1:9833319/1‑151 (MQ=9) aGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCTCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATAGAATAGAAGACTACGTTTTAGCCTGAGACACg > 2:10618856/1‑151 (MQ=11) aGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACg < 2:5734841/151‑1 (MQ=14) gACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTACGACAGGTCGTAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGCATGCCGTAGAAGCCTACATTATCGCCAGAGACACGa > 2:5087161/1‑151 (MQ=11) ggTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCTTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCGCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCgg > 2:2433329/1‑137 (MQ=11) gTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTGCCCTGGTAGCTCAGGTCGTAGTTCCCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGgc < 1:4118044/151‑1 (MQ=11) cTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGgccg > 1:6583003/1‑151 (MQ=31) tGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCTTAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGgccgcc < 1:681048/151‑1 (MQ=14) | CTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGGCCGCCGCCA > NC_008463/5460985‑5461285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |