Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_008463 | 4,167,196 | Δ1 bp | intergenic (+41/‑131) | PA14_RS19010 → / → PA14_RS19015 | VOC family protein/MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_008463 | 4,167,194 | 0 | G | . | 98.5% | 1560.2 / 12.8 | 326 | intergenic (+39/‑133) | PA14_RS19010/PA14_RS19015 | VOC family protein/MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base . (106/215); total (107/219) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
GGCGGCTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGCGGGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATGCCATCCTCGC > NC_008463/4167045‑4167339 | gcggcTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCCGGTGTGAATcggcgg > 2:518731/1‑150 (MQ=255) gcggcTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATcggcgg < 2:6300567/150‑1 (MQ=255) cTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATcggcggcggg < 1:1415455/150‑5 (MQ=255) tCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGc‑ggcgggc > 1:6656462/1‑150 (MQ=255) gTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGCTGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCCGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCcg > 2:2339418/1‑150 (MQ=255) ccAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCcgcg > 1:1933950/1‑150 (MQ=255) ccAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGGTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGACTCGGC‑GGCGGGGCcgcg > 2:6440211/1‑150 (MQ=255) cAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGt < 2:5680113/150‑1 (MQ=255) gATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCAACGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTc > 2:8167827/1‑150 (MQ=255) aTGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCCGGTGTGACTCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTcc > 2:6339910/1‑150 (MQ=255) cGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGAGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCtg < 2:2602610/150‑1 (MQ=255) gCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCtgt > 1:3635641/1‑150 (MQ=255) gCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCtgt > 2:3448814/1‑150 (MQ=255) gCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGGGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCggt > 1:9169374/1‑150 (MQ=255) cggggCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCTTGTTCCCCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTAAACTGCGAGCAGGACGGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCTGGTGTGAATGGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCtgtg < 1:2027855/148‑1 (MQ=255) gCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCCCCGACCGCTTCGGCGGGGCCTGGATGGTCAACGGCGAGCCGGACCGGTCGCGGCCGCTACGCGGGCCCGCCCCCTGGTGTTAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGcgcg < 1:1116308/150‑1 (MQ=255) cccGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGa > 2:1205228/1‑150 (MQ=255) ccccTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCCCCGCCCGCTTGGGCGGGGCCTGGATGGTCAACTGCGCGCAGCCCCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCCGGTGTGAATCGG‑GGGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTc < 1:3881658/148‑1 (MQ=255) 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ggcgAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGGGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCCGGACCGGTAGCGACCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTTAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGa < 1:3956958/150‑1 (MQ=255) cgcgCTTCGGCAGGTACACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGCTGGCCAACTGCGAGCCGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGACGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACg < 2:1830134/147‑1 (MQ=255) gCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCAc > 1:5517079/1‑150 (MQ=255) gCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCAc < 2:7587111/150‑1 (MQ=255) ttCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTg < 2:6082459/150‑1 (MQ=255) 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accgCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATACTTTAAGt > 2:7667632/1‑150 (MQ=255) gCTTCGGCGTTGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATACTTTAAGTTGc > 2:9065620/1‑150 (MQ=255) gCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGc < 1:9079843/150‑1 (MQ=255) ttCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCAt > 1:10034867/1‑150 (MQ=255) ttCCGCGTGCCCGCGACGGTCAACTGCGCGCCGCACCGGTAGCGGCCGCGACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGCATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGGGCGCGAGTCGCGATCGCGAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCAt < 2:7033524/150‑1 (MQ=255) 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cGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGa < 1:1159176/150‑1 (MQ=255) tCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCCGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGCTCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAACACCACAATTCCTAGCCTCCCCATAGTTTCATATGGaaa > 1:7030266/1‑150 (MQ=255) tCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGaaa > 2:8801215/1‑150 (MQ=255) tCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGaaa > 1:10724389/1‑150 (MQ=255) cTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCtt < 1:5472659/150‑1 (MQ=255) cTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCtt < 2:4526906/150‑1 (MQ=255) tACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGAGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGAATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATATTTTCATATTGAAACATTa < 2:9388120/150‑1 (MQ=255) cgcgGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGTTAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCGTTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAcccgtggg > 1:4344691/1‑145 (MQ=255) gggCCCGCCGCCAGGTGTGACTCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAg < 1:9934999/150‑1 (MQ=255) gggCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAg < 1:2264995/150‑1 (MQ=255) 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aaTCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGACTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgccatcctc < 2:4811830/150‑1 (MQ=255) tCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgccatcctcgc < 2:5791943/150‑1 (MQ=255) | GGCGGCTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGCGGGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATGCCATCCTCGC > NC_008463/4167045‑4167339 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |