| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 5,204,959 | G→A | G325S (GGC→AGC) | PA14_RS23825 → | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 5,204,959 | 0 | G | A | 99.8% | 2191.6 / ‑5.8 | 519 | G325S (GGC→AGC) | PA14_RS23825 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (274/244); minor base C (0/1); total (274/245) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 519 total aligned reads displayed.
GACCCGAACCTGGCGGTGGACGAGATCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCGGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCGGAAAATCTCAGGATCACCCTG > NC_008463/5204812‑5205105 | gACCCGAACCTGGCGGTGGACGAGATCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGc < 1:5187515/150‑1 (MQ=255) ccGAACCTGGCGGTGGACGAGATCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGcccc < 2:10073222/150‑1 (MQ=255) aCCTGGCGGTGGACGAGATCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGgcg > 1:4728982/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGGTGGACGAGATCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGgcgc > 1:1766693/1‑150 (MQ=255) ggCGGTGGACGAGATCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCACCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCCTGCGCTCAACCTCGCTCCGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGc < 2:1441231/150‑1 (MQ=255) gCGGTGGACGAGATCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGcc > 2:6041097/1‑150 (MQ=255) gCGGTGGACGAGATCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGcc > 1:1241589/1‑150 (MQ=255) gCGGTGGACGAGATCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGcc > 1:9389198/1‑150 (MQ=255) cGAGATCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGc < 1:7529427/150‑1 (MQ=255) gagaTCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCt < 2:1656651/150‑1 (MQ=255) agaTCGATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTg > 2:4778222/1‑150 (MQ=255) gATGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGt < 1:4059667/150‑1 (MQ=255) tGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTcc < 2:6478750/150‑1 (MQ=255) tGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTcc > 2:10347562/1‑150 (MQ=255) tGCCCTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGGGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTGCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGGCGGTcc > 2:1795500/1‑150 (MQ=255) cccTGCTGACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCt > 2:9712069/1‑150 (MQ=255) tgctgACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATc > 1:293098/1‑150 (MQ=255) tgctgACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATc < 2:1963369/150‑1 (MQ=255) ntgACCACCTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATccc > 1:10300045/2‑150 (MQ=255) accaccTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCg > 1:8731637/1‑150 (MQ=255) accaccTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCg > 1:561652/1‑150 (MQ=255) ccTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGAccc > 1:2823359/1‑150 (MQ=255) cTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCt > 2:10449800/1‑150 (MQ=255) cTACATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCt < 1:455124/150‑1 (MQ=255) aCATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGc < 2:5648125/150‑1 (MQ=255) cATTGCCATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCt < 1:9586047/150‑1 (MQ=255) ccATCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAACGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCt < 2:8576201/150‑1 (MQ=255) tCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACa > 1:8960285/1‑150 (MQ=255) tCAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACa > 2:4244289/1‑150 (MQ=255) cAACACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACaa < 1:2459321/150‑1 (MQ=255) aaCACCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAAc < 2:755134/150‑1 (MQ=255) acacCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGTCGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAAcc < 2:5555732/150‑1 (MQ=255) acacCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAAcc > 2:9138679/1‑150 (MQ=255) acCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCAt < 2:3270970/150‑1 (MQ=255) acCCAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCAt > 2:3758906/1‑150 (MQ=255) cAGCACAAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCg > 1:2053695/1‑150 (MQ=255) acaAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATcc < 1:2260176/150‑1 (MQ=255) caAGCCGCTCGACGACCCGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCa > 2:8480180/1‑150 (MQ=255) 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ccGCGCGTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGAt < 2:929401/150‑1 (MQ=255) gcgTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCg < 1:1402786/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGaa < 1:4952447/150‑1 (MQ=255) gTGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGaa < 2:11054152/150‑1 (MQ=255) tGCGCCAGGCGATCAACCTCGCTCTGGACAAGAAGGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAAc < 1:1508575/150‑1 (MQ=255) 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agaagGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATGCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTg > 2:7120032/1‑150 (MQ=255) gaagGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGc > 1:10696537/1‑150 (MQ=255) gaagGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGc > 1:590684/1‑150 (MQ=255) gaagGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGc < 1:2757072/150‑1 (MQ=255) agGCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCgg > 1:9117104/1‑150 (MQ=255) agGCCATGCTCGACGCGGTGGTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCgg < 1:7930447/150‑1 (MQ=255) ggCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCGGa < 1:5486284/150‑1 (MQ=255) gCCATGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCGGaa < 2:4293175/150‑1 (MQ=255) aTGCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCGGAAAAt > 1:8275875/1‑150 (MQ=255) gCTCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCGGAAAAtct < 1:6696182/150‑1 (MQ=255) tCGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCGGAAAATCTCa < 1:8477315/150‑1 (MQ=255) cGACGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCGGAAAATCTCAg < 1:6228160/150‑1 (MQ=255) cGACGCGGTGGTCCGCCCCCGCGCGGCCCGGCCGGCTGTCGGTCCCTCTCCCCCGACCCTGCTCGGCTACCACCATTCGATCCAGGACGGGCCGCACGATCCCGCACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCGGAAAATCTCAg < 2:8880979/150‑1 (MQ=255) aCGCGGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCGGAAAATCTCAGGa < 1:7159073/150‑1 (MQ=255) cgcgGTGTTCAGCCCCGGCGCGGCCAGTCCGGCTGTCGGTCCCTATCCCCCGACCCTGCTCGGCTACAACCATTCGATCCAGGACTGGCCGCACGATCCCGAACGCGCCAGGGCGCTGCTCAAGGAAGCCGGTGCGGAAAATCTCAGGAt < 1:10012184/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |