Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_008463 | 2,730,678 | C→T | intergenic (+16/+99) | PA14_RS12860 → / ← ctpH | anti‑virulence regulator CigR family protein/methyl‑accepting chemotaxis protein CtpH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 2,730,678 | 0 | C | T | 99.5% | 1703.2 / NA | 408 | intergenic (+16/+99) | PA14_RS12860/ctpH | anti‑virulence regulator CigR family protein/methyl‑accepting chemotaxis protein CtpH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (189/217); minor base A (2/0); total (191/217) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 412 total aligned reads displayed.
CTCGACGGCCGCCTGCTAGGCCGGCTGCCGCACTACGACGGCTACGAGTGGATGCAGGCCGGCACCGACCTGCTGCTGGTGGCGGTGGCGACCGGGCTGATCTACGAAGTGCTGGACAACGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGCAGGCCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTGCGCGGAGAGG > NC_008463/2730531‑2730822 | ccGGCCGCCTGCTAGGCCGGCTGCCGCACTACGACGGCTACGAGTGGCTGCAGGCCGGCACCGACCTGCTGCTGGTGGCGGTGGCGACCGGGCTGATCTACTAAGTGCTGGACAACGCTCTCGACGGAGCGGGCCAGGGCGGGTAgcgcc < 2:1607114/149‑5 (MQ=255) aCGGCCGCCTGCTAGGCCGGCTGCCGCACTACGACGGCTACGAGTGGATGCAGGCCGGCACCGACCTGCTGCTGGTGGCGGTGGCGACCGGGCTGATCTACGAAGTGCTGGACAACGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAgcgcc < 1:686175/150‑5 (MQ=255) ggCCGCCTGCTAGGCCGGCTGCCGCACTACGACGGCTACGAGTGGATGCAGGCCGGCACCGACCTGCTGCTGGTGGCGGTGGCGACCGGGCTGATCTACGAAGTGCTGGACAACGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCAt > 2:10144710/1‑150 (MQ=255) 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aCTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGccc > 1:5208453/1‑150 (MQ=255) cTGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCa < 2:2093183/150‑1 (MQ=255) tGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAg > 2:3198342/1‑150 (MQ=255) tGAGCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAg < 1:7208077/150‑1 (MQ=255) gCGGGCCAGGGCGGGTAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTg > 2:9846900/1‑150 (MQ=255) 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ggcgggtAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTGCGCGGagag < 2:1526545/150‑1 (MQ=255) gcgggtAGCGCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTGCGCGGAGAgg > 2:6820994/1‑150 (MQ=255) | CTCGACGGCCGCCTGCTAGGCCGGCTGCCGCACTACGACGGCTACGAGTGGATGCAGGCCGGCACCGACCTGCTGCTGGTGGCGGTGGCGACCGGGCTGATCTACGAAGTGCTGGACAACGCTCTCGACTGAGCGGGCCAGGGCGGGCAGGCCCATAGGCGCTATCCGCCAGGCCCCGTTGGAGTGGCGGATAACCGTGTTGCGCTTGTCCGCCCTACCTCGTGGAAGTCCTTTTCTTACCCCAGGTCAGGCCCGCAGGCGTTGCAGGGCATCGCCCAGTTGCGCGGAGAGG > NC_008463/2730531‑2730822 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |