| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 5,103,224 | 2 bp→CA | coding (818‑819/1185 nt) | ftsZ ← | cell division protein FtsZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 5,103,224 | 0 | A | C | 100.0% | 1904.0 / NA | 491 | P273M (CCT→CTG) | ftsZ | cell division protein FtsZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (262/229); total (262/229) | |||||||||||
| * | NC_008463 | 5,103,225 | 0 | G | A | 99.8% | 1991.8 / NA | 491 | P273M (CCT→CTG) | ftsZ | cell division protein FtsZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (260/229); minor base T (1/0); total (262/229) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 491 total aligned reads displayed.
CTCCAGGCGCGCGCCCAGGCCGGTGGCGACTACGGTGACGTGCAGCTCATCGCGCATGTCCGCGTCGATCACGGTGCCCACCTTCACAGTGGCGTGCTCGGAAGCGAACTGTTCGATGATGTTGCCGACATCGGAGTACTCGCCAGGGGACAGGTCCGGACCCGCGGTGATGTTCACCATGATGCCGCGCGCGCCCTGCAGGTTGACGTCTCCCAGCAGCGGGGTGCGGATTGCCGCCTCGGGGGCCTCGCGGGCACGGTTCGGACCGCTGGCGCAGCCGGTACCCATC > NC_008463/5103080‑5103368 || ctcCAGGCGCGCGCCCAGGCCGGTGGCGACTACGGTGACGTGCAGCTCATCGCGCATGTCCGCGTCGATCACGGTGCCCACCTTCACAGTGGCGTGCTCGGAAGCGAACTGTTCGATGATGTTGCCGACATCGGAGTACTCGCCCAGGGa < 1:1145203/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGCGCGCCCAGGCCGGTGGCGACTACGGTGACGTGCAGCTCATCGCGCATGTCCGCGTCGATCACGGTGCCCACCTTCACAGTGGCGTGCTCGGAAGCGAACTGTTCGATGATGTTGCCGACATCGGAGTACTCGCCCAGGGACa > 1:6129814/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCGCCCAGGCCGGTGGCGACTACGGTGACGTGCAGCTCATCGCGCATGTCCGCGTCGATCACGGTGCCCACCTTCACAGTGGCGTGCTCGGAAGCGAACTGTTCGATGATGTTGCCGACATCGGAGTACTCGCCCAGGGACAGGt > 1:4815812/1‑150 (MQ=255) gcgcgcgcCCAGGCCGGTGGCGACTACGGTGACGTGCAGCTCATCGCGCATGTCCGCGTCGATCACGGTGCCCACCTTCACAGTGGCGTGCTCGGAAGCGAACTGTTCGATGATGTTGCCGACATCGGAGTACTCGCCCAGGGACAGGTc > 2:8303277/1‑150 (MQ=255) cgcgcgcCCAGGCCGGTGGCGACTACGGTGACGTGCAGCTCATCGCGCATGTCCGCGTCGATCACGGTGCCCACCTTCACAGTGGCGTGCTCGGAAGCGAACTGTTCGATGATGTTGCCGACATCGGAGTACTCGCCCAGGGACAGGTcc < 2:3334440/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCCAGGCCGGTGGCGACTACGGTGACGTGCAGCTCATCGCGCATGTCCGCGTCGATCACGGTGCCCACCTTCACAGTGGCGTGCTCGGAAGCGAACTGTTCGATGATGTTGCCGACATCGGAGTACTCGCCCAGGGACAGGTCCg > 2:6073957/1‑150 (MQ=255) gcgcgcCCAGGCCGGTGGCGACTACGGTGACGTGCAGCTCATCGCGCATGTCCGCGTCGATCACGGTGCCCACCTTCACAGTGGCGTGCTCGGAAGCGAACTGTTCGATGATGTTGCCGACATCGGAGTACTCGCCCAGGGACAGGTCCg < 2:662413/150‑1 (MQ=255) gcgcCCAGGCCGGTGGCGACTACGGTGACGTGCAGCTCATCGCGCATGTCCGCGTCGATCACGGTGCCCACCTTCACAGTGGCGTGCTCGGAAGCGAACTGTTCGATGATGTTGCCGACATCGGAGTACTCGCCCAGGGACAGGTCCGGa > 2:1761644/1‑150 (MQ=255) 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tCGCCCAGGGACAGGTCCGGACCCGCGGTGATGTTCACCAGGATGCCGCGCGCGCCCTGCAGGTTGACGTCTTCCAGCAGCGGGTTGCGGATTGCCGCCTCGGTGGCCTCGCGGGCACGGTTCGGACCGCTGGCGCAGCCGGTACCcatc < 1:2903647/150‑1 (MQ=255) tCGCCCAGGGACAGGTCCGGACCCGCGGTGATGTTCACCAGGATGCCGCGCGCGCCCTGCAGGTTGACGTCTTCCAGCAGCGGGTTGCGGATTGCCGCCTCGGTGGCCTCGCGGGCACGGTTCGGACCGCTGGCGCAGCCGGTACCcatc > 1:8445165/1‑150 (MQ=255) || CTCCAGGCGCGCGCCCAGGCCGGTGGCGACTACGGTGACGTGCAGCTCATCGCGCATGTCCGCGTCGATCACGGTGCCCACCTTCACAGTGGCGTGCTCGGAAGCGAACTGTTCGATGATGTTGCCGACATCGGAGTACTCGCCAGGGGACAGGTCCGGACCCGCGGTGATGTTCACCATGATGCCGCGCGCGCCCTGCAGGTTGACGTCTCCCAGCAGCGGGGTGCGGATTGCCGCCTCGGGGGCCTCGCGGGCACGGTTCGGACCGCTGGCGCAGCCGGTACCCATC > NC_008463/5103080‑5103368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |