| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 5,461,135 | 0 | A | G | 31.5% | 596.1 / inf | 508 | D1240D (GAT→GAC) | PA14_RS25000 | MBG domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (154/188); new base G (80/77); total (237/271) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 511 total aligned reads displayed.
TGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGGCCGCCGCCA > NC_008463/5460986‑5461285 | tGGTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCAt > 1:8037230/1‑151 (MQ=18) ggTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATc < 1:6758249/151‑1 (MQ=18) gTTGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCg < 1:4817512/151‑1 (MQ=255) ttGATGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCgg > 2:1743339/1‑151 (MQ=18) gATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCg > 1:7902987/1‑151 (MQ=38) tGCCGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGAt < 1:5668365/151‑1 (MQ=18) ccGTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATca > 2:6691668/1‑151 (MQ=18) gTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATcaca > 1:8619939/1‑151 (MQ=18) gTACACGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATcaca > 2:8113918/1‑151 (MQ=18) acacGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACAtt > 2:11372025/1‑151 (MQ=38) acacGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACATGGTACGTCAGGCTCGGATCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACAtt > 2:9387615/1‑151 (MQ=9) cacGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTAAGGCCGCTGTCCTGGTAAGTGAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCGTGGCATCGGCGGTCTCAGTc > 2:4922934/1‑151 (MQ=11) cGCCGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTcag < 1:9683064/151‑1 (MQ=255) cGACGTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTcagcag > 1:2902930/1‑151 (MQ=18) gACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGt > 2:5104516/1‑151 (MQ=255) acgttCTCGCCAGCCACGCGTCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCTCCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTg < 1:10779188/148‑1 (MQ=255) aCATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACATTCAGCAGTg < 2:3924023/151‑1 (MQ=25) ttCTCGCCAGCCACGCGTCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCTCCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCt < 2:9518165/151‑1 (MQ=255) tctcGCCAGCCACGCGTCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCTCCTGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCtt < 1:8792545/151‑1 (MQ=255) ctcGCCAGCCACTCGTCACAGGCTGCCGCCTTTGAGCACGGCCCCTGCGGTTTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTg < 1:5124269/151‑1 (MQ=11) ccagccaCGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCAGGGTCTTGGAGGCGGCGATCCCATTCAGCAGTGCCTTGGTGa > 1:11241337/1‑151 (MQ=14) cagccaCGCGTCTCAGGCTGCCTCCGTTGAGCACGGCTCCGGCGGTTTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGAt < 2:10418434/151‑1 (MQ=255) agccaCGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATg < 1:1312043/151‑1 (MQ=25) 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(MQ=31) ggCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCg < 1:10497231/151‑1 (MQ=14) gCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGgag < 1:8893946/151‑1 (MQ=31) gCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGgag > 1:3971241/1‑151 (MQ=31) cGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGac > 1:2155984/1‑151 (MQ=31) gTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGaca < 1:4600871/151‑1 (MQ=31) 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ttGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTAGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGACCCa > 1:8349427/1‑151 (MQ=14) gTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGgc < 1:6189830/151‑1 (MQ=31) cTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGgccg < 1:5969759/151‑1 (MQ=31) tGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGgccgcc < 1:8113918/151‑1 (MQ=31) cATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGgccgccgcc > 1:111035/1‑151 (MQ=31) aTCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGGCCGCCGCCa < 2:3095236/151‑1 (MQ=11) | TGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCACCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAAGTCAGGCTCGGGTCGGCATCGCCGTAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGTGCCTTGGTGATGGTCAGGTTGTTGCCCTGGTAAGCCAGGTCATAGTTACCGCTGACCAGACCCAGGCCACCCTGCTGAATCGCATAGTTGCCTACGTTTTCGCCGGAGACACGAACCAGGCCGCCGCCA > NC_008463/5460986‑5461285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |