Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_008463 | 5,198,405 | T→C | intergenic (+31/+37) | PA14_RS23800 → / ← mdpA | ABC transporter substrate‑binding protein/metallopeptidase MdpA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 5,198,405 | 0 | T | C | 99.8% | 1591.8 / NA | 404 | intergenic (+31/+37) | PA14_RS23800/mdpA | ABC transporter substrate‑binding protein/metallopeptidase MdpA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (190/213); minor base G (1/0); total (191/213) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 407 total aligned reads displayed.
GATGCCCTGGTTGCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCTTTGCCTTCCCGCGTGCGGCGTTATCGTTCGGCCGGCTCAGCCGCCGAGGCCGAAGGGATCGTCGATGGACGGACTCGGTTGGGTGAACCAGCGTGGTCCTTCCTCCGTCATGTAGAAGTGATCCTCCAGGCGAATGCCGAACTCGCC > NC_008463/5198257‑5198552 | gATGCCCTGGTTGCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCctt < 2:5482015/151‑1 (MQ=255) aTGCCCTGGTTGCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTg < 2:9404207/151‑1 (MQ=255) gCCCTGGTTGCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGcc < 1:5552075/151‑1 (MQ=255) 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ggTTGCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCCGCGGCGCCCCCGGGGAGCCCAGGCCCGTGccgtgcc > 1:1566462/1‑146 (MQ=255) tGCCGCTGGCGCATCCGGTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGCCTTCCcgcg > 1:2863039/1‑151 (MQ=255) gCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGCCTTCCCGCGt < 2:6028185/151‑1 (MQ=255) ccGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGCCTTCCCTCGTg > 2:8590027/1‑151 (MQ=255) cGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGCCTTCCCGCGTgc < 2:2494232/151‑1 (MQ=255) 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ccgcACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGCCTTCCCGCGTGCGGCGTTATCGTTCGGCCGGCTCAGCCGCCGAGGCCGAAGGGATCGTCGATGGACGGACTCGGTTGGGTGAACCAGCGTGGTCCTTCCTCCGTCATGTAGAAGTGATCCTCCa < 1:3766507/151‑1 (MQ=255) cgcACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGCCTTCCCGCGTGCGGCGTTATCGTTCGGCCGGCTCAGCCGCCGAGGCCGAAGGGATCGTCGATGGACGGACTCGGTTGGGTGAACCAGCGTGGTCCTTCCTCCGTCATGTAGAAGTGATCCTCCAg < 1:3287355/151‑1 (MQ=255) cgcACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGCCTTCCCGCGTGCGGCGTTATCGTTCGGCCGGCTCAGCCGCCGAGGCCGAAGGGATCGTCGATGGACGGACTCGGTTGGGTGAACCAGCGTGGTCCTTCCTCCGTCATGTAGAAGTGATCCTCCAg < 1:6913453/151‑1 (MQ=255) gcACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGCCTTCCCGCGTGCGGCGTTATCGTTCGGCCGGCTCAGCCGCCGAGGCCGAAGGGATCGTCGATGGACGGACTCGGTTGGGTGAACCAGCGTGGTCCTTCCTCCGTCATGTAGAAGTGATCCTCCAgg < 2:4425142/151‑1 (MQ=255) cACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGCCGTCCCGCGTGCGGCGTTATCGTTCGGCCGGCTCAGCCGCCGAGGCCGAAGGGATCGTCGATGGACGGACTCGGTTGGGTGAACCAGCGTGGTCCTTCCTCCGTCATGTAGAAGTGATCCTCCAGGc < 2:5687072/151‑1 (MQ=255) 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gCCCTTGCCTTCCCGCGTGCGGCGTTATCGTTCGGCCGGCTCAGCCGCCGAGGCCGAAGGGATCGTCGATGGACGGACTCGGTTGGGTGAACCAGCGTGGTCCTTCCTCCGTCATGTAGAAGTGATCCTCCAGGCGAATGCCGAACTCGcc < 1:7398150/151‑1 (MQ=255) | GATGCCCTGGTTGCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCTTTGCCTTCCCGCGTGCGGCGTTATCGTTCGGCCGGCTCAGCCGCCGAGGCCGAAGGGATCGTCGATGGACGGACTCGGTTGGGTGAACCAGCGTGGTCCTTCCTCCGTCATGTAGAAGTGATCCTCCAGGCGAATGCCGAACTCGCC > NC_008463/5198257‑5198552 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |