| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 2,985,345 | A→G | K2233E (AAA→GAA) | pvdD → | pyoverdine non‑ribosomal peptide synthetase PvdD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 2,985,345 | 0 | A | G | 99.8% | 1796.8 / NA | 453 | K2233E (AAA→GAA) | pvdD | pyoverdine non‑ribosomal peptide synthetase PvdD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (229/223); minor base C (1/0); total (230/223) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 453 total aligned reads displayed.
TGTTACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCAAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCACCGGTCAGGGTCGAAGCGTTCTGGAACG > NC_008463/2985198‑2985492 | tGTTACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAg > 2:2303638/1‑151 (MQ=255) cAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGtt > 2:1540348/1‑151 (MQ=255) aGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGtttt < 2:11204460/151‑1 (MQ=255) aGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGtttt < 1:3767349/151‑1 (MQ=255) gACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTc < 1:10434754/151‑1 (MQ=255) cctcTCGCCTTGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCa < 2:1006479/148‑1 (MQ=255) aCCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCa > 2:415228/1‑151 (MQ=255) cTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAAcc > 1:859161/1‑151 (MQ=255) cGCCTTGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTg < 2:4405151/151‑1 (MQ=255) cGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTg < 1:9735016/151‑1 (MQ=255) gCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTgg > 1:8333848/1‑151 (MQ=255) ccATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGc > 1:4945505/1‑151 (MQ=255) ccATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGc > 2:5284460/1‑151 (MQ=255) ccATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGc < 2:6983005/151‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCgg > 2:1654829/1‑151 (MQ=255) ggCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGa > 1:3456192/1‑151 (MQ=255) gcTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATgg < 1:2073194/151‑1 (MQ=255) gcTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATgg > 1:2481513/1‑151 (MQ=255) 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cGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGc < 1:5995366/151‑1 (MQ=255) gggATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCt < 2:2821861/151‑1 (MQ=255) gggATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCt > 2:3800976/1‑151 (MQ=255) cGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGGGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTcggcg < 1:8206345/151‑1 (MQ=255) cATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCa > 1:896878/1‑151 (MQ=255) tCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAAc < 2:3120550/151‑1 (MQ=255) tCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAAc < 1:5541796/151‑1 (MQ=255) cGGTCACGGGTGATGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGGTGCGGACACCGCCGAGCAAGTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCt < 2:9800383/151‑1 (MQ=255) cAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCg < 1:10715653/151‑1 (MQ=255) cAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCg > 2:7346049/1‑151 (MQ=255) tgttgtCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCgatggat < 2:8139408/151‑1 (MQ=255) tgttgtCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCgatggat < 2:655304/151‑1 (MQ=255) ttgtCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCACCCTGGCGATGGATGt > 2:9474817/1‑151 (MQ=255) tgtCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTc > 1:5243574/1‑151 (MQ=255) cTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTcgcg < 1:9060955/151‑1 (MQ=255) 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ctgctgGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTgg > 1:1524020/1‑151 (MQ=255) ctgctgGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTgg < 1:9484017/151‑1 (MQ=255) gctgGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGTCGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGag < 2:2524549/151‑1 (MQ=255) tgGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGagca > 1:4279596/1‑151 (MQ=255) cgcTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGt < 1:6233252/151‑1 (MQ=255) 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ttGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATgc > 1:1107365/1‑151 (MQ=255) ggAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGTGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCg < 1:10994548/151‑1 (MQ=255) ggAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCg > 1:741479/1‑151 (MQ=255) gAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCgg > 2:8333751/1‑151 (MQ=255) gAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCgg > 2:9624114/1‑151 (MQ=255) aaTACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGc < 1:6570388/151‑1 (MQ=255) aaTACGCCGAGCAAGTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGc < 2:10799064/151‑1 (MQ=255) aTACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCa > 2:6782480/1‑151 (MQ=255) tACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCAc > 1:8040434/1‑151 (MQ=255) aCGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCAcc < 2:5165008/151‑1 (MQ=255) 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ccccGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCACCGGTCAGGGTCGAAGCGTTCTGGAAc > 1:11592971/1‑151 (MQ=255) cccGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCACCGGTCAGGGTCGAAGCGTTCTGGAACg > 2:9258366/1‑151 (MQ=255) | TGTTACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCAAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCACCGGTCAGGGTCGAAGCGTTCTGGAACG > NC_008463/2985198‑2985492 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |