| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 3,281,477 | G→C | intergenic (‑25/+44) | katE ← / ← PA14_RS14985 | catalase HPII/general stress protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 3,281,477 | 0 | G | C | 99.7% | 1385.7 / NA | 355 | intergenic (‑25/+44) | katE/PA14_RS14985 | catalase HPII/general stress protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (172/182); minor base A (1/0); total (173/182) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
TGGCGTCCTCGCGATAGGCCTCCAGCTGTTCCAGCTTGGCGTTGCTGTTGCCACGGTCGACGGTGTCGGTGCCGGCCGCCTGGCTGCGCTGCTCGTTGTTCTGCTCGCTCATCGGTTTCCTCTCCTCATCCTGGGCATGAAAATGGGGGGGATGCCTCCCTGCTCCGCCCCATTCACTTCACTGCGCGGTTATCAGTTCCCGCCGTGGCTGCGCTGGCCACCTTTCTTGCCAGCCTCGGAGGCCCGCTGCGGATCGTTCTTGAAGTTGCCGCCGCTGGCCTGGCCGCCCTTCTTGC > NC_008463/3281329‑3281624 | tGGCGTCCTCGCGATAGGCCTCCAGCTGTTCCAGCTTGGCGTTGCTGTTGCCACGGTCGACGGGGTCGGTGCCGGCCGCCTGGCTGCGCTGCTCGTTGTTCTGCTCGCTCATCGGTTTCCTCTCCTCCTCCTGGGCATGAAATTggggcgg > 2:10723299/1‑151 (MQ=255) ggCGTCCTCGCGATAGGCCTCCAGCTGTTCCAGCTTGGCGTTGCTGTTGCCACGGTCGACGGTGTCGGTGCCGGCCGCCTGGCTGCGCTGCTCGTTGTTCTGCTCGCTCATCGGTTTCCTCTCCTCATCCTGGGCATGAAAATGGGGCGGa < 1:4543277/151‑1 (MQ=255) cGTCCTCGCGATAGGCCTCCAGCTGTTCCAGCTTGGCGTTGCTGTTGCCACGGTCGACGGTGTCGGTGCCGGCCGCCTGGCTGCGCTGCTCGTTGTTCTGCTCGCTCATCGGTTTCCTCTCCTCATCCTGGGCATGAAAATGGGGCGGATg < 2:10174811/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |