Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_008463 | 3,515,863 | T→C | intergenic (+617/+267) | PA14_RS16005 → / ← PA14_RS16010 | AAA family ATPase/DUF4354 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 3,515,863 | 0 | T | C | 98.9% | 1059.5 / NA | 281 | intergenic (+617/+267) | PA14_RS16005/PA14_RS16010 | AAA family ATPase/DUF4354 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (115/162); minor base A (3/0); total (119/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.37e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TATACAGCCCCTCCCTAAGCCATAGCCCTTCCCCATACCTGAACGGCACACCTATTGCCACCCGCAAAACCACAACCTCCCCCGCTGCTAACCGCAATAGCTGCGGCTTGAGTGTCGCGGATCGGTTTTTGGAATGTGGTGTT‑GGCCTTCACCCCAACCCTC‑TCCCGCACGCGGGAGAGGGGGCCGGGCGTGCCTTGTGGGTCGAGCGCCTCGCTCGGGCGCAGCCTGGAACGATGTCTACCCTCCCCTAGGCCCCGGGTATCTGGAATTCGGCCCCCAGCCCAGGCAACCAAAA > NC_008463/3515716‑3516010 | ataCAGCCCCTCCCTAAGCCATAGCCCTTCCCCATACCTGAACGGCACACCTATTGCCACCCGCAAAACCACAACCTCCCCCGCTGCTAACCGCAATAGCTGCGGCTTGAGTGTCGCGGATCGGTTTTTGGAATGTGGTGTT‑GGCCCTCAc < 1:4948142/151‑1 (MQ=255) aCAGCCCCTCCCTAAGCCATAGCCCTTCCCCATACCTGAACGGCACACCTATTGCCACCCGCAAAACCACAACCTCCCCCGCTGCTAACCGCAATAGCTGCGGCTTGAGTGTCGCGGATCGGTTTTTGGAATGTGGTGTT‑GGGCCCCAccc > 2:3982032/1‑151 (MQ=255) cAGCCCCTCCCTAAGCCATAGCCCTTCCCCATCCCTGAACGGCACACCTAGTGCCACCCGCAAAACCACAACCTCCCCCGCTGCTAACCGCAATAGCTGCGGCTTGAGTGTCGCGGATCGGTTTTTGGAATGTGGTGTT‑GGCCCTCAcccc < 2:6158961/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |