Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_008463 | 2,787,895 | Δ1 bp | pseudogene (973/3090 nt) | PA14_RS13085 → | CusA/CzcA family heavy metal efflux RND transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 2,787,893 | 0 | C | . | 98.4% | 1746.5 / 16.1 | 366 | pseudogene (971/3090 nt) | PA14_RS13085 | CusA/CzcA family heavy metal efflux RND transporter |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
CTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCACGCGGTCTGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCC‑AGGGGGTCACTGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGCATGACTAGGACAGTGCCCAC‑GTGAAGAAGAACCCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTCAGCGCCAAC > NC_008463/2787745‑2788038 | cTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAc > 1:3851636/1‑150 (MQ=255) cTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAc < 1:3112646/150‑1 (MQ=255) tGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcc > 2:7542685/1‑150 (MQ=255) 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ccgTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCa > 2:10258353/3‑150 (MQ=255) ccgTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCa > 1:5514181/3‑150 (MQ=255) ccgTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCa > 1:4772904/3‑150 (MQ=255) gccacggTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAgg > 1:4411223/7‑150 (MQ=255) acggTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTc > 2:8155402/4‑150 (MQ=255) acggTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTc > 1:2998506/4‑150 (MQ=255) acggTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTc < 1:6264731/147‑1 (MQ=255) acggTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTc > 1:9627014/4‑150 (MQ=255) acggTGAAGAAGAA‑CCGGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCGGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTc > 2:9543531/4‑150 (MQ=255) cggTGAAGAAGAA‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTCa > 2:8871948/3‑150 (MQ=255) 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gaagaa‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTCAGCGCCaa > 2:1266402/1‑150 (MQ=255) gaagaa‑CCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTCAGCGCCaa > 2:2706731/1‑150 (MQ=255) | CTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCACGCGGTCTGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCC‑AGGGGGTCACTGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGCATGACTAGGACAGTGCCCAC‑GTGAAGAAGAACCCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAACAGGGTCAGCGCCAAC > NC_008463/2787745‑2788038 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |