Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_008463 | 791,890 | A→G | N624D (AAC→GAC) | pchF → | pyochelin non‑ribosomal peptide synthetase PchF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_008463 | 791,890 | 0 | A | G | 99.7% | 2267.0 / NA | 585 | N624D (AAC→GAC) | pchF | pyochelin non‑ribosomal peptide synthetase PchF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (365/218); minor base C (0/2); total (365/220) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 585 total aligned reads displayed.
GCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCCCCGAAGTGGTCGCCTGGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGAACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCACGCCCAAGGGCGTGATGCTC > NC_008463/791743‑792036 | gccgcGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGAc < 2:9809574/150‑1 (MQ=255) ccgcGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACg > 1:9330336/1‑150 (MQ=255) cgcgCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGc < 2:238916/150‑1 (MQ=255) gcgcAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGcc > 2:3054923/1‑150 (MQ=255) cAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGc < 1:6149588/150‑1 (MQ=255) cAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGc < 2:3607161/150‑1 (MQ=255) cgaggTCGCGGTGATCGGCCTCCTCCCGGCCGGCGCAGCCTAAGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCACGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCAGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTg < 1:10369783/147‑1 (MQ=255) aTTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTg > 1:3242479/1‑150 (MQ=255) tGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTgcg < 2:5987303/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTgcgc < 2:2829338/150‑1 (MQ=255) gTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGATAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGcc < 2:3219806/150‑1 (MQ=255) gTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGcc > 1:7910275/1‑150 (MQ=255) tCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCt > 2:3383569/1‑150 (MQ=255) 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cGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTacac > 2:6519103/1‑150 (MQ=255) tGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCg < 1:5760794/150‑1 (MQ=255) cgctggTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCa < 1:3809425/146‑1 (MQ=255) cgctggTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCa > 1:503851/5‑150 (MQ=255) gctggTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCAc < 1:10645814/147‑1 (MQ=255) tggTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCg > 1:8618065/2‑150 (MQ=255) ggTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCgg > 2:4220225/1‑150 (MQ=255) cTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCAc > 2:5211638/1‑150 (MQ=255) tGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCACg > 1:8793571/1‑150 (MQ=255) tGCCAGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCTACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTAAACCTCCGGCTCCACCGGCACg > 2:5799480/1‑150 (MQ=255) gCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCACGc > 2:8025677/1‑150 (MQ=255) ccTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCACGcc > 2:4539109/1‑150 (MQ=255) cTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCAACGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCACGccc < 1:2470178/150‑1 (MQ=255) ggAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCACGCCCaa < 2:11030050/150‑1 (MQ=255) aGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCACGCCCAAGGGc > 1:9872731/1‑150 (MQ=255) 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cccGGACGCCCGCAGCGCCCGCGAGGCCCCCGCCCGGCCGGCCGCCGACCGCGCCCGGCCCCCCCCCCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCAACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCACGCCCAAGGGCGTGATGCt < 2:8183555/150‑1 (MQ=25) ccGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTCCGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCACGCCCAAGGGCGTGATGCTc > 2:4901973/1‑150 (MQ=255) | GCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCCCCGAAGTGGTCGCCTGGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGAACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGGCTCCACCGGCACGCCCAAGGGCGTGATGCTC > NC_008463/791743‑792036 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |