| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 1,082,958 | A→G | pseudogene (265/2518 nt) | hrpB → | ATP‑dependent helicase HrpB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 1,082,958 | 0 | A | G | 99.8% | 2220.8 / NA | 561 | pseudogene (265/2518 nt) | hrpB | ATP‑dependent helicase HrpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (297/263); minor base T (0/1); total (297/264) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 567 total aligned reads displayed.
GGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAAGGGTCGGCGAGACCGTCGGCTACGGGATCCGCCTGGAAAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGCCCGTCGCCTGCAAGACGACCCGGCGCTGGACGGTGTCGGCCTGGTGATCTTCGACGAATTCCAGGAGCGCAGCCTGGATGCCGACCTGGCCCT > NC_008463/1082810‑1083104 | cccTGCTCGCCGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCa < 1:2281087/150‑1 (MQ=255) tGCTCGACGTCCCGGGGCTCGCCGTCCTACGCATCCTCCTGCTCGACCCGCGAGGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAggg < 1:542214/150‑1 (MQ=255) gCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGt < 2:6377212/150‑1 (MQ=255) tCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCg < 2:7742992/150‑1 (MQ=255) tCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCg > 1:1663524/1‑150 (MQ=255) acgaGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGcc > 1:8440859/1‑150 (MQ=255) acgaGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGcc > 1:3444314/1‑150 (MQ=255) cgaGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGccc > 2:2915820/1‑150 (MQ=255) cgaGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGccc < 1:3870694/150‑1 (MQ=255) aGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGa < 2:2110499/150‑1 (MQ=255) cccTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAg < 2:4955770/150‑1 (MQ=255) tGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGAcc > 2:362410/1‑150 (MQ=255) cGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCAt < 1:8864294/150‑1 (MQ=255) cGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCAt < 2:307842/150‑1 (MQ=255) ccGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCg < 1:7781035/150‑1 (MQ=255) ccGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCg < 2:3206822/150‑1 (MQ=255) ggCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGaa > 1:4415086/1‑150 (MQ=255) ggCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGaa > 1:5109274/1‑150 (MQ=255) ggCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGaa > 2:7523898/1‑150 (MQ=255) ccAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGt < 1:10078931/150‑1 (MQ=255) cAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTg > 1:1258521/1‑150 (MQ=255) aaCGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTgg < 1:3058330/150‑1 (MQ=255) aCGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGt < 2:4724864/150‑1 (MQ=255) gCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCa > 1:3987489/1‑150 (MQ=255) cATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCAc < 1:9079980/150‑1 (MQ=255) tCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAgg > 2:2420995/1‑150 (MQ=255) tCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAgg < 1:7685264/150‑1 (MQ=255) cATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAggg < 1:2410718/150‑1 (MQ=255) 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aaCCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTg > 1:7969403/1‑150 (MQ=255) ccGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGcc < 1:7516346/150‑1 (MQ=255) ccGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGcc < 2:7822591/150‑1 (MQ=255) cgcgACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGccc < 1:2055153/150‑1 (MQ=255) cgcgACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGccc > 1:11060265/1‑150 (MQ=255) 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ccggATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGCCCGTCGCCTGCAAGACGACCCGGCGCTGGACGGTGTCGGCCTGGTGATCTTCGACGAATTCCAGGAGCGCAGCCTGGATGc < 1:10483532/148‑1 (MQ=255) ggATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGCCCGTCGCCTGCAAGACGACCCGGCGCTGGACGGTGTCGGCCTGGTGATCTTCGACGAATTCCAGGAGCGCAGCCTGGATGCCg > 2:404682/1‑150 (MQ=255) tCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGCCCGTCGCCTGCAAGACGACCCGGCGCTGGACGGTGTCGGCCTGGTGATCTTCGACGAATTCCAGGAGCGCAGCCTGGATGCCGAcc > 1:360027/1‑150 (MQ=255) ccGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGCCCGTCGCCTGCAAGACGACCCGGCGCTGGACGGTGTCGGCCTGGTGATCTTCGACGAATTCCAGGAGCGCAGCCTGGATGCCGAcct > 2:10013619/1‑150 (MQ=255) gCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGCCCGTCGCCTGCAAGACGACCCGGCGCTGGACGGTGTCGGCCTGGTGATCTTCGACGAATTCCAGGAGCGCAGCCTGGATGCCGAcctgg > 2:7993437/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |