| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_008463 | 2,787,877 | C→G | pseudogene (955/3090 nt) | PA14_RS13085 → | CusA/CzcA family heavy metal efflux RND transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_008463 | 2,787,877 | 0 | C | G | 99.1% | 1350.1 / 0.8 | 348 | pseudogene (955/3090 nt) | PA14_RS13085 | CusA/CzcA family heavy metal efflux RND transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (150/194); total (153/195) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
CATGCTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCACGCGGTCTGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCC‑AGGGGGTCACTGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGCATGACTAGGACAGTGCCCAC‑GTGAAGAAGAACCCTGGTGGAAGGCGCGGCGCTGGTGATCGCGGTGCTCTTCCTGTTCCTCGGCAACATCCGCGCGGCGCTGATCACCGCCACCATCATCCCGCTGTCGATGCTGTTCACCTTCACCGGGATGGTCGGCAAC > NC_008463/2787741‑2788023 | aTGCTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTgaagaag > 1:7693606/1‑150 (MQ=255) aTGCTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTgaagaag < 1:10701580/150‑1 (MQ=255) aTGCTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTgaagaag < 1:9397964/150‑1 (MQ=255) cTGATCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAc < 1:7541122/150‑1 (MQ=255) tCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcctgg < 1:8808582/150‑4 (MQ=255) tCGGCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAAcctgg < 2:4353991/150‑4 (MQ=255) ggCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGTCCCTGCCCAATGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCtggtg < 2:75448/150‑1 (MQ=255) ggCGAGAACAGCCGGGAAGTGGCCCAGGCGGTCGGCCAGCGCCTGGAGGAGATCAACCGGACCCTGCCCAAGGGGGTCAAGGCGATCACCGTCTACGACCGCACCACCCTGGTGGACAAGG‑CCGTGGCCACGGTGAAGAAGAA‑CCtggtg < 1:6187359/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |