| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 5,395,476 | (G)5→4 | intergenic (‑109/+44) | PA14_RS24730 ← / ← PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 5,395,472 | 0 | G | . | 96.4% | 1661.6 / 42.4 | 362 | intergenic (‑105/+48) | PA14_RS24730/PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/13); new base . (172/177); total (172/190) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 372 total aligned reads displayed.
GTCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAGGGGCGGGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTGTCGTCCTCTTCCATGCCGAGTTC > NC_008463/5395324‑5395615 | tCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggc > 1:5566904/1‑150 (MQ=255) aGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggctt > 2:4864403/1‑148 (MQ=255) gCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggcttt > 1:10003132/1‑147 (MQ=255) cAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAg > 2:885064/1‑151 (MQ=255) cAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGcccc < 1:6953997/151‑1 (MQ=255) cAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGcccc < 2:6053534/151‑1 (MQ=255) cAACGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGcccc > 1:2411269/1‑151 (MQ=255) gggCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGcc > 2:3792610/1‑151 (MQ=255) gCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCt > 1:10719478/1‑151 (MQ=255) cGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTc < 1:1770360/151‑1 (MQ=255) ggATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCg > 2:693218/1‑151 (MQ=255) ggATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCg < 2:3355959/151‑1 (MQ=255) aTGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGc < 2:9237442/151‑1 (MQ=255) tGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACCCCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCa < 1:4645733/151‑1 (MQ=255) aGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAgg > 1:91432/1‑151 (MQ=255) ggCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTATCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGt > 2:8387978/1‑151 (MQ=255) gCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGta > 2:10459332/1‑150 (MQ=255) cAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTc > 2:7031163/1‑151 (MQ=255) ggTTACGCGGCTGGGCGGCAACCTCCCGGGGGTTCCCT‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCTGGTTCCGCTTCGCGCCGGCGGAAAATTGTCCACCGGGCTGAAACGCACGCGGG‑‑GGGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGc < 1:9257410/151‑1 (MQ=255) tACGCGGCATGGCGGAATCCACACGGGGTTTCCCT‑GTTTTGAGCATACACCTGCCGCCTGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTTTCCACCGGGCTGAACCCCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAAc < 1:6581616/151‑1 (MQ=255) cgcgGCATGGCGGCACCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGCGCCTCCACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACTGGGCTGAAACGCACGAGGG‑‑GGGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAAcgc < 1:3440877/151‑1 (MQ=255) ggCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCT‑GATTGGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAACCGCACG‑TGGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGcc < 1:2541421/151‑1 (MQ=255) ggcggcATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAACCGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACt < 2:9704882/151‑1 (MQ=255) cggcATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCa < 2:2462873/151‑1 (MQ=255) cggcATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCa > 1:8675544/1‑151 (MQ=255) ggcATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAg > 2:3548730/1‑151 (MQ=255) gcATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGt > 2:7667224/1‑151 (MQ=255) gcATCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGt > 2:6726884/1‑151 (MQ=255) aTCCTCACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTcc > 2:2851461/1‑151 (MQ=255) ctcagggggTTCCCATTTTTTGAGCCAACACCTGCCCCCTGGTTCCGCATCGCGCGGGCGGTAAATTGCCCACCGGGCTTAACCCCACGCGGG‑‑GGGGGCTTTCCCGCCCCCCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCcttc < 1:995941/147‑1 (MQ=255) cACGGGGGTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCcttctt > 2:7765396/1‑151 (MQ=255) gggggTTCCCT‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTGCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTGGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgc < 2:950733/151‑1 (MQ=255) gggTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCGGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCCCG‑TGGGC‑GGGGCTTACCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgccg < 1:10173069/151‑1 (MQ=255) tttCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATCGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTTAAACGCACG‑CGGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCcgcg < 1:3192192/150‑1 (MQ=255) gTTCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCcgcg < 2:5843122/151‑1 (MQ=255) tCCCA‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGc > 1:7235594/1‑151 (MQ=255) ccA‑GTTTTGAGCCTCCACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCt < 2:10353089/151‑1 (MQ=255) ccA‑GTTTTGAGCCTACCCCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCCGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCt < 1:5153163/151‑1 (MQ=255) a‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCTGGTTCCGAATAGCGCCGGCGGTAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACG‑TGGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTg < 1:814386/151‑1 (MQ=255) a‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGTAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTg < 1:800750/151‑1 (MQ=255) a‑GTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTg > 1:3881920/1‑151 (MQ=255) tGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATCGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAACCGCACG‑CGGGC‑GGGGCTTTCCCGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCtt < 1:6053897/151‑1 (MQ=255) tGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCtt < 2:316887/151‑1 (MQ=255) gAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTc > 1:5887393/1‑151 (MQ=255) gAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTc < 2:7367226/151‑1 (MQ=255) gAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTc < 2:4367479/151‑1 (MQ=255) gAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTc < 2:1656752/151‑1 (MQ=255) aGCCTACACCTGCCGCCCGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTcg > 2:5554619/1‑151 (MQ=255) 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aCTTGTCCACTGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTg < 1:4184962/151‑1 (MQ=255) ttGTCCCCCGGGCTTACCCGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTCCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTgtc < 1:3578177/151‑1 (MQ=255) ttGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTgtc < 2:9391262/151‑1 (MQ=255) gTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTgtcgt > 1:7698286/1‑151 (MQ=255) ccACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTGTCGTcc < 2:697051/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |