| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 3,374,601 | A→G | F41S (TTC→TCC) | PA14_RS15385 ← | aminotransferase class V‑fold PLP‑dependent enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 3,374,601 | 0 | A | G | 99.8% | 2103.9 / NA | 531 | F41S (TTC→TCC) | PA14_RS15385 | aminotransferase class V‑fold PLP‑dependent enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (201/329); minor base T (0/1); total (201/330) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 535 total aligned reads displayed.
CGCCTGGGCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGAAATTCGACGCGGGATTGCCAAAACACGCCTGGTAGCCGAGACACTCCACCATGGCCCGGATCACGCGCTCGTCCACGGGCGTGGTGGCGGCGTAATCGAAGTACAACGGTAACGAACTCATCGCATTCCCCCAATCGATCGGACGGA > NC_008463/3374453‑3374748 | cgcCTGGGCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGgaa > 1:3001462/1‑151 (MQ=255) gcCTGGGCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAAt > 2:926544/1‑151 (MQ=255) ccTGGGCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAAtt > 1:8561990/1‑151 (MQ=255) cTGGGCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTc > 1:10102506/1‑151 (MQ=255) tGGGCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCg < 1:7199612/151‑1 (MQ=255) gggCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGa > 1:5978355/1‑151 (MQ=255) gggCCACGCCCTTGAGGGCCAGGGTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGa > 2:3466539/1‑151 (MQ=255) ggCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGACTTCGAc > 2:1292167/1‑151 (MQ=255) gCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGAcg < 1:4267597/151‑1 (MQ=255) gCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGAcg > 1:511215/1‑151 (MQ=255) ccACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGAcgc > 2:3332019/1‑151 (MQ=255) ccACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGAcgc > 2:8721847/1‑151 (MQ=255) ccACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGAcgc < 1:4584614/151‑1 (MQ=255) 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cccTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGACGCGGGAt < 2:679569/151‑1 (MQ=255) ccTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGACGCGGGAtt < 1:9212573/151‑1 (MQ=255) ccTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGACGCGGGAtt < 1:2133974/151‑1 (MQ=255) cTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGACGCGGGATTg > 1:6433500/1‑151 (MQ=255) gtGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAAGTCGAGGCGGGATTGc > 1:3262728/2‑151 (MQ=255) 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tgttgGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGACGCGGGATTGCCAAAACACGCCTg < 2:7694281/151‑1 (MQ=255) gttgGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGACGCGGGATTGCCAAAACACGCCTgg < 1:10201953/151‑1 (MQ=255) tgGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGACGCGGGATTGCCAAAACACGCCTGGTa < 1:10611272/151‑1 (MQ=255) tgGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGACGCGGGATTGCCAAAACACGCCTGGTa < 1:8945652/151‑1 (MQ=255) ggATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGGAATTCGACGCGGGATTGCCAAAACACGCCTGGTAg < 1:6725920/151‑1 (MQ=255) 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gCATGGGAATTCGACGCGGGATTGCCAAAACACGCCTGGTAGCCGAGACACTCCACCATGGCCCGGATCACGCGCTCGTCCACGGGCGTGGTGGCGGCGTAATCGAAGTACAACGGTACCGAACTCATCGCATTCCCCCAATCGATcggac > 2:8105459/1‑151 (MQ=255) aTGGGAATTCGACGCGGGATTGCCAAAACACGCCTGGTAGCCGAGACACTCCACCATGGCCCGGATCACGCGCTCGTCCACGGGCGTGGTGGCGGCGTAATCGAAGTACAACGGTAACGAACTCATCGCATTCCCCCAATCGATcggacgg > 1:5490213/1‑151 (MQ=255) | CGCCTGGGCCACGCCCTTGAGGGCCAGGTTGTTGGATTCGGTGGCGCCGGAAGTCCAGACGATCTGCCCGGCGCTGGCGCCGACCAGCGCGGCCACCTGCTCCCTGGCCCGCTCCACTGCCCGCCGCGCCTGGCGGCCGTAGGCATGGAAATTCGACGCGGGATTGCCAAAACACGCCTGGTAGCCGAGACACTCCACCATGGCCCGGATCACGCGCTCGTCCACGGGCGTGGTGGCGGCGTAATCGAAGTACAACGGTAACGAACTCATCGCATTCCCCCAATCGATCGGACGGA > NC_008463/3374453‑3374748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |