| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 791,862 | 3 bp→GCT | coding (1842‑1844/5430 nt) | pchF → | pyochelin non‑ribosomal peptide synthetase PchF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 791,862 | 0 | C | G | 99.8% | 2093.2 / ‑5.8 | 538 | A614A (GCC→GCG) | pchF | pyochelin non‑ribosomal peptide synthetase PchF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (336/201); total (337/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | NC_008463 | 791,863 | 0 | T | C | 99.6% | 2109.2 / ‑1.8 | 538 | W615M (TGG→CTG) | pchF | pyochelin non‑ribosomal peptide synthetase PchF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (335/200); total (337/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
| * | NC_008463 | 791,864 | 0 | G | T | 99.8% | 2283.1 / ‑4.9 | 538 | W615M (TGG→CTG) | pchF | pyochelin non‑ribosomal peptide synthetase PchF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (336/201); total (337/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 538 total aligned reads displayed.
CGCGGTGATGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCCCCGAAGTGGTCGCCTGGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGAACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGCCTACGTGATCTACACCTCCGG > NC_008463/791721‑792005 ||| cgcgGTGCTGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGCTCGGCATCCTCCCGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGc < 2:4112353/151‑1 (MQ=255)cgcgGTGATGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCGTATGTGCCGGTGGACAGCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGCAGTGGTCGCGCTGGTCTGc > 1:2494948/1‑151 (MQ=255) cgGTGATGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCACTTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCt > 2:801537/1‑151 (MQ=255) cgGTGATGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCt > 2:6736094/1‑151 (MQ=255) cgGTGATGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCt < 1:9091441/151‑1 (MQ=255) ggTGATGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTg > 2:2599719/1‑151 (MQ=255) ggTGATGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTg > 2:2213050/1‑151 (MQ=255) gTGATGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCTGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTgg > 1:4597891/1‑151 (MQ=255) gATGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGaa < 2:5751658/151‑1 (MQ=255) gATGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGaa < 2:3318702/151‑1 (MQ=255) aTGCTGCCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGaaa > 1:10678568/1‑151 (MQ=255) gctgcCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGc > 2:8674615/1‑151 (MQ=255) gctgcCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGc < 2:229791/151‑1 (MQ=255) ctgcCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCg > 2:3697472/1‑151 (MQ=255) tgcCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGa > 2:9438440/1‑151 (MQ=255) gcCGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCTGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGAt < 1:9756023/151‑1 (MQ=255) cGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGt < 1:3356864/151‑1 (MQ=255) cGAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGt > 2:7533323/1‑151 (MQ=255) gAAAAGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTc > 1:1660585/1‑151 (MQ=255) aaaaGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTcc > 2:9282558/1‑151 (MQ=255) aaaGCGCCGCGCAAGTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTccc < 1:8054703/151‑1 (MQ=255) aaGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGAGGTCCCg < 1:1131727/151‑1 (MQ=255) aGCGCCGCGCAATTGGTCGCGGTGATCGGCATCCTCCAGGCCGGCGCAGCCTATGTGCCGGTGGACATCCGCCAGCCGCCGCTGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCgg > 1:544673/1‑150 (MQ=255) 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tGCGGCGCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTggcggc > 1:1378897/1‑151 (MQ=255) gcggcgCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGgcggcg < 1:49907/151‑1 (MQ=255) cggcgCCAGGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGcggcgg < 2:5907688/151‑1 (MQ=255) ccACGCGATCCTCGCCAGCGCCGAAGAGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGAGGCGGCGgacgac > 2:4610828/1‑151 (MQ=255) gATCCTCGCCAGCGCCGAAGTGGTCGCGCTGGTCTGCCTGGAAAGCGATGTCCCGGACGCCGGCTGCGCCTGCGTGGCCATCGACCGGCTGGCCGCCGACAGCGCCTGGCCGCCACCGCCCGCGGCGGAGGTGGCGGCGGACGACCTCGcc < 1:2813026/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |