Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_008463 | 4,167,196 | Δ1 bp | intergenic (+41/‑131) | PA14_RS19010 → / → PA14_RS19015 | VOC family protein/MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 4,167,194 | 0 | G | . | 99.2% | 1829.5 / 6.0 | 376 | intergenic (+39/‑133) | PA14_RS19010/PA14_RS19015 | VOC family protein/MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base . (156/216); total (156/220) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
GGGCGGCTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGCGGGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATGCCATCCTCGCC > NC_008463/4167044‑4167340 | tCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGcc < 2:3029968/151‑1 (MQ=255) cGGTCCAGCTGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGccc < 2:8694411/151‑1 (MQ=255) ggTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCcg < 2:6620506/151‑1 (MQ=255) gCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCtgtg > 1:1886257/1‑151 (MQ=255) cTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGGCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGACTCGGC‑GGCGGGCCCGCGGTCCGCTGGgc > 2:540699/1‑151 (MQ=255) tGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTgcg > 1:7121939/1‑151 (MQ=255) gggCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTgcgc > 1:11189560/1‑151 (MQ=255) cccGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAg > 2:10829516/1‑151 (MQ=255) aCCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTcgc > 2:9047400/1‑151 (MQ=255) aCCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTcgc > 2:11168171/1‑151 (MQ=255) aCCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGGGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTcgc > 1:1733258/1‑151 (MQ=255) ccTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCCGGACCGGTAGCGCCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTcgcg < 1:4984040/151‑1 (MQ=255) tCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTCGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGcgatc < 1:5241066/151‑1 (MQ=255) 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tACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAAACAAAATTCCAAGCCTCCGCATATTTTCATATTGAAACCTTAc > 1:4757792/1‑151 (MQ=255) aCGCAGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAAGTTAAGTTGCATTTTAAAACCAACTTTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACg > 2:7314059/1‑151 (MQ=255) gggCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAgc > 2:8080485/1‑151 (MQ=255) gCCCGCCGCCTGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAgcgc < 1:9779397/151‑1 (MQ=255) cccGCCGCCCGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAATACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCTTATTGAAACCTTACGGAGCGCt > 2:6156082/1‑151 (MQ=255) cccGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCt > 2:9855682/1‑151 (MQ=255) ccgccgCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCtt < 2:4774974/151‑1 (MQ=255) cgccgcCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTc > 1:7439826/1‑151 (MQ=255) cgccgcCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTc > 2:1179746/1‑151 (MQ=255) gccgccAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCg < 2:9420732/151‑1 (MQ=255) ccgccAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGc > 1:3085139/1‑151 (MQ=255) ccgccAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGc > 1:10562535/1‑151 (MQ=255) gccAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCAt > 2:319652/1‑151 (MQ=255) cAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGGTAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCAGgc > 2:8312104/1‑151 (MQ=255) cAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgc < 1:7700508/151‑1 (MQ=255) cAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgc > 1:10048965/1‑151 (MQ=255) cAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgc > 2:2820090/1‑151 (MQ=255) cAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgc > 1:165545/1‑151 (MQ=255) gAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgccatcctc > 2:2017008/1‑151 (MQ=255) gAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTGTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgccatcctc > 1:6277740/1‑151 (MQ=255) aaTCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgccatcctcg < 2:9558317/151‑1 (MQ=255) aTCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTCAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgccatcctcgc > 1:3864115/1‑151 (MQ=255) | GGGCGGCTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGCGGGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATGCCATCCTCGCC > NC_008463/4167044‑4167340 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |