| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 3,425,614 | A→T | H908L (CAC→CTC) | mexY → | multidrug efflux RND transporter permease subunit MexY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 3,425,614 | 0 | A | T | 76.8% | 1214.9 / inf | 526 | H908L (CAC→CTC) | mexY | multidrug efflux RND transporter permease subunit MexY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/77); new base T (139/265); total (184/342) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 526 total aligned reads displayed.
CGAAGAACGCCTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCACGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCATGAGCCTGCTGCAGGCGAC > NC_008463/3425465‑3425761 | cGAAGAACGCCTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCAc > 1:6273724/1‑151 (MQ=255) aagaaCGCCTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCgg > 2:3094871/1‑151 (MQ=255) agaaCGCCTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCACTCTCGGTGCTGTTCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCACggg < 2:10024370/151‑1 (MQ=255) aaCGCCTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCACggggc < 1:7034157/151‑2 (MQ=255) aaCGCCGGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGGTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGt < 2:5340392/151‑1 (MQ=255) aCGCCTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTg < 2:7481931/151‑1 (MQ=255) aCGCCTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTg < 2:7095588/151‑1 (MQ=255) cGCCTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGa > 2:2307227/1‑151 (MQ=255) ccTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGc > 2:7183656/1‑151 (MQ=255) ccTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCACGGGGCGAGc > 2:4980925/1‑151 (MQ=255) cTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGcc > 1:8571269/1‑151 (MQ=255) gTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTTTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGCCTg < 2:1392961/151‑1 (MQ=255) gTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGCCTg > 1:9507395/1‑151 (MQ=255) 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gCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGc > 2:5501095/1‑151 (MQ=255) cTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCa < 1:2106685/151‑1 (MQ=255) tGGGCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCAt < 1:3727644/151‑1 (MQ=255) tGGGCGTGCTCGGCGCACTGCACGGGGCGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCAt < 2:9151013/151‑1 (MQ=255) gggCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCATg < 2:196138/151‑1 (MQ=255) ggCGTGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCATGa < 1:6922059/151‑1 (MQ=255) cGTGCTCGGCGCACTGCACGGGGCGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCATGAGc > 2:2886007/1‑151 (MQ=255) tGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCATGAGCct < 2:8539433/151‑1 (MQ=255) tGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCATGAGCct < 2:8769226/151‑1 (MQ=255) tGCTCGGCGCACTGCTCGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCATGAGCct < 1:10725419/151‑1 (MQ=255) 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cACTGCTCGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGACGGCATGAGCCTGCTGCAGGc > 1:7611597/1‑151 (MQ=255) cACTGCTCGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCATGAGCCTGCTGCAGGc < 1:8344123/151‑1 (MQ=255) | CGAAGAACGCCTGTCCGGCGCCCAGGCGCCGGCGCTGTTCGCCCTCTCGGTGCTGATCGTGTTCCTCGCCCTGGCCGCCCTCTACGAAAGCTGGTCGATCCCGCTGGCGGTGATCCTGGTGGTGCCGCTGGGCGTGCTCGGCGCACTGCACGGGGTGAGCCTGCGCGGCCTGCCCAACGACATCTACTTCAAGGTCGGCCTGATCACCATCATCGGCCTCTCGGCGAAGAACGCCATCCTCATCATCGAGGTAGCCAAGGACCATTACCAGGAAGGCATGAGCCTGCTGCAGGCGAC > NC_008463/3425465‑3425761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |