| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_008463 | 5,198,405 | T→C | intergenic (+31/+37) | PA14_RS23800 → / ← mdpA | ABC transporter substrate‑binding protein/metallopeptidase MdpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 5,198,405 | 0 | T | C | 99.8% | 1708.9 / NA | 439 | intergenic (+31/+37) | PA14_RS23800/mdpA | ABC transporter substrate‑binding protein/metallopeptidase MdpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (198/240); minor base A (0/1); total (198/241) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 441 total aligned reads displayed.
GATGCCCTGGTTGCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCTTTGCCTTCCCGCGTGCGGCGTTATCGTTCGGCCGGCTCAGCCGCCGAGGCCGAAGGGATCGTCGATGGACGGACTCGGTTGGGTGAACCAGCGTGGTCCTTCCTCCGTCATGTAGAAGTGATCCTCCAGGCGAATGCCGAACTCGCC > NC_008463/5198257‑5198552 | gATGCCCTGGTTGCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCctt < 2:4824339/151‑1 (MQ=255) aTGCCCTGGTTGCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTg < 1:2130176/151‑1 (MQ=255) gCCCTGGTTGCCGCTGGCGCATCCGTTGATGTTCGACGCGCAACGCAAGAACGTCAGCGGCTACCGCATGAGCCCGATGTCGGCGCGGGACTTTTCGCGGGTGAAGCTGGACTGATCGCTGCGCCGCACGCGGGAAGCCCTGGCCCTTGcc < 1:1916377/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |