Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_008463 | 4,167,196 | Δ1 bp | intergenic (+41/‑131) | PA14_RS19010 → / → PA14_RS19015 | VOC family protein/MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 4,167,194 | 0 | G | . | 99.1% | 1609.4 / 5.7 | 332 | intergenic (+39/‑133) | PA14_RS19010/PA14_RS19015 | VOC family protein/MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base . (139/189); total (139/193) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
GGCGGCTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGCGGGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATGCCATCCTCGC > NC_008463/4167045‑4167339 | ggcggcTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATcggcg < 1:7778823/150‑1 (MQ=255) cggcTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGAACATCTGGGCGGCGAGCGTCGGCATGTTCACCGACCGCGTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGCTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCAGCCAGGGGTGAATcggcggc > 2:4887836/1‑149 (MQ=255) gcTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATcggcggcgg < 1:3408089/150‑4 (MQ=255) tCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCcgc > 1:3954309/1‑150 (MQ=255) gATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTc > 2:10068888/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGGTCCGCt > 2:3006559/1‑150 (MQ=255) cTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCtgtg > 1:6790709/1‑150 (MQ=255) cTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCtgtg > 2:2342479/1‑150 (MQ=255) cTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGACAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCtgtg > 2:80618/1‑150 (MQ=255) tGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGTCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTgc < 2:1188179/150‑1 (MQ=255) tGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCTGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTgc < 1:2499896/150‑1 (MQ=255) tGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCtgtgg > 1:11023982/1‑149 (MQ=255) tGGGCCCGACCTTCTGGGCGGAGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTgc > 2:7153402/1‑150 (MQ=255) 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ttCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATaa < 2:11029397/150‑1 (MQ=255) tccccgaccgCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACGGCGAGCAGGCCCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAAt < 2:1686717/147‑1 (MQ=255) tCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAAt > 2:5215839/1‑150 (MQ=255) tCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTGCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGCTAAt > 2:9645100/1‑150 (MQ=255) ccccgcccgcTACGGCGTGGCCTGGAAGGCCAACGGCGAGCCCGCCCGGCAGCCTCCGCCACGCGGGCCCCCCGCCAGGTGTGAATC‑GCCGGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACCCACTGCCGCGATaagt < 2:10602464/148‑3 (MQ=255) 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ggTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGTATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGGTGTGCGCGAGTCGCGATCGAGAGTCGCACTGCCGCGATAATTGAAGTTGCGGTTTAAATCCCAAATGCCTAGCCGCCGCAGAGTTTCat > 2:4580238/1‑150 (MQ=255) gTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCCGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTCAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCata > 2:6106561/1‑150 (MQ=255) tAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGGGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAAGTTAAGTTGCATTTTCAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCatat > 2:3153020/1‑150 (MQ=255) aGCTTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGTTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGAGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATAtt < 2:3279630/150‑1 (MQ=255) tCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGaaa > 1:3332972/1‑150 (MQ=255) 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tgAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgccatcc > 1:1915316/1‑150 (MQ=255) tgAATCGGC‑GGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATgccatcc > 1:7512606/1‑150 (MQ=255) | GGCGGCTCGGTCCAGATGCCGCTGGGCCCGACCTTCTGGGCGGCGAGCTTCGGCATGTTCACCGACCGCTTCGGCGTGGCCTGGATGGTCAACTGCGAGCAGGACCGGTAGCGTCCGCTACGCGGGCCCGCCGCCAGGTGTGAATCGGCGGGCGGGCCCGCGTTCCGCTGTGCGCGAGTCGCGATCGATAGACGCACTGCCGCGATAATTTAAGTTGCATTTTAAAACCAAAATTCCTAGCCTCCGCATAGTTTCATATTGAAACCTTACGGAGCGCTTCGCATGCCATCCTCGC > NC_008463/4167045‑4167339 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |