| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 5,395,476 | (G)5→4 | intergenic (‑109/+44) | PA14_RS24730 ← / ← PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_008463 | 5,395,472 | 0 | G | . | 97.7% | 1815.1 / 25.7 | 385 | intergenic (‑105/+48) | PA14_RS24730/PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/9); new base . (186/190); total (186/199) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 397 total aligned reads displayed.
TCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAGGGGCGGGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTGTCGTCCTCTTCCATGCCGAGTTCG > NC_008463/5395325‑5395616 | cAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggc < 2:4372594/150‑2 (MQ=255) cAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCa > 1:7431228/1‑150 (MQ=255) cAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTTCCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCAAGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCa > 2:9491888/1‑150 (MQ=255) 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aaCTTGTCCCCAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCt < 1:7266730/150‑1 (MQ=255) aaCTTGTCCACAGGGCTGAACCGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCt < 2:1106303/150‑1 (MQ=255) aaCTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCt < 2:1132920/150‑1 (MQ=255) acgtGTCCACAGGGCTGAAACGCACG‑TGGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACGCAGTCCAACTTCGCCTCGGCCTTGTCGTACGCCGCGACGGTCTCATTCTCCGCCGGCGTGTGCTTTTCCtt > 2:4668239/4‑150 (MQ=255) cctgggCTGAATCGCACG‑TGGGC‑GGGGCTTGCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTGTCGTCct < 1:7731510/147‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |