| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 393,904 | (G)5→6 | coding (1135/2280 nt) | ptsP → | phosphoenolpyruvate‑‑protein phosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 393,899 | 1 | . | G | 98.5% | 2027.5 / 15.7 | 517 | coding (1130/2280 nt) | ptsP | phosphoenolpyruvate‑‑protein phosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/5); new base G (219/290); total (222/295) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 571 total aligned reads displayed.
GGAGCAGACCATCATCGTCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑T‑GGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTATCGACCTGATCGTCGATGGCTACCACGGCGAGGTCTACACCAACCCCTCCGCCGAGCTGGTGCGCCAGTACAGCGACGTGGTCGCCGAGGAGCGCGAGCTGAGCAA > NC_008463/393750‑394043 | aGCAGACCATCATCGTCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCCTCCCCACGGTGC‑T‑gg > 1:6212833/1‑150 (MQ=255) cAGACCATCATCGTCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑T‑gggg > 2:8370988/1‑150 (MQ=255) aGACCATCCTCGTCAGCGAGGCGCTGTCGCCGGCGCTGCTCGGCGAGGTGCCGGACGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑T‑ggggg < 2:556156/150‑1 (MQ=255) aGACCATCATCGTCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑T‑ggggg < 1:2496080/150‑1 (MQ=255) gACCATCATCGTCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑T‑gggggg > 1:3235516/1‑149 (MQ=255) ccATCATCGTCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑T‑ggggggcg < 2:11105051/150‑4 (MQ=255) atcGTCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGa > 2:5350095/1‑150 (MQ=255) tcGTCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCATCTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGC‑TGGGGGGCGGTCGAc > 2:7474862/1‑150 (MQ=255) tcGTCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGAc < 1:5479270/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCt < 2:10624696/150‑1 (MQ=255) tCAGCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTg < 1:7402608/150‑1 (MQ=255) gCGAGGAGCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGCAGGGCGCCTGGGCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCg < 2:976701/150‑1 (MQ=255) aggagCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTAc < 2:6569708/150‑1 (MQ=255) aggagCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTAc > 1:6047936/1‑150 (MQ=255) aggagCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGGGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTAc > 1:2705835/1‑150 (MQ=255) ggagCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACt > 1:130213/1‑150 (MQ=255) gagCTGTCGCCGGCGCTGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTc < 2:3107234/150‑1 (MQ=255) agCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTcc < 1:2917842/150‑1 (MQ=255) gCTGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCa < 1:1420091/150‑1 (MQ=255) tGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAg < 1:3654077/150‑1 (MQ=255) tGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAg > 2:2018634/1‑150 (MQ=255) tGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAg > 2:7596885/1‑150 (MQ=255) tGTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGACTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGCGCTGCCGTACTCCacg > 2:6452201/1‑148 (MQ=255) gTCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAgg < 1:10021776/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGt > 1:6486813/1‑150 (MQ=255) ccGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGa > 1:1063151/1‑150 (MQ=255) ccGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGa > 1:7173236/1‑150 (MQ=255) ccGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGa < 1:9700722/150‑1 (MQ=255) ccGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGACGa < 1:11163688/150‑1 (MQ=255) cGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGAc < 1:6553072/150‑1 (MQ=255) cGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGAc < 1:6889125/150‑1 (MQ=255) cGGCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGAc < 1:803802/150‑1 (MQ=255) ggCGATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACg > 1:9385747/1‑150 (MQ=255) gATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTa < 1:4607589/150‑1 (MQ=255) gATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTa < 2:317284/150‑1 (MQ=255) gATGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTa < 1:1095071/150‑1 (MQ=255) aTGCTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTAt > 2:3840257/1‑150 (MQ=255) cTCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTATCGa > 1:8444024/1‑150 (MQ=255) tCGGCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTATCGAc > 1:3372076/1‑150 (MQ=255) ggCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACCCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTATCGACCt < 1:5987196/150‑1 (MQ=255) gCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTATCGACCTg > 2:4885550/1‑150 (MQ=255) gCGAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGATCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTATCGACCTg < 1:10243348/150‑1 (MQ=255) gAGGTGCCGGAAGGGCGCCTGGTCGGCCTGGTCTCGGTGCTCGGCTCGGGCAACTCGCACGTGGCGTTCCTCGCCCGTGCCATGGGCATCCCCACGGTGA‑TGGGGGGCGGTCGACCTGCCGTACTCCAAGGTCGACGGTATCGACCTGAt > 2:6038346/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |