| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_008463 | = 5935541 | 502 (0.990) | 26 (0.060) | 24/256 | 26.3 | 5.5% | coding (251/981 nt) | PA14_RS27150 | hypothetical protein |
| ? | NC_008463 | 5935938 = | 470 (1.080) | coding (648/981 nt) | PA14_RS27150 | hypothetical protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 508 total aligned reads displayed.
CCTGCGGGGCAACGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATCCTCAGCATCG > NC_008463/5935392‑5935690 | ccTGCGGGGCAACGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGa < 2:6907963/150‑1 (MQ=255) tGCGGGGCAACGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGaaa > 2:7655887/1‑150 (MQ=255) cGGGGCAACGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATc < 2:7134659/150‑1 (MQ=255) gggCAACGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGACATCCt > 1:6555947/1‑150 (MQ=255) ggCAACGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGACATCCTg > 2:9189725/1‑150 (MQ=255) aaCGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGACATCCTGGTc > 2:1296573/1‑150 (MQ=255) aaCGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTc < 1:1844662/150‑1 (MQ=255) aCGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCa < 2:5504074/150‑1 (MQ=255) cGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCaa > 2:2955569/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCaa < 2:4411449/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGACATCCTGGTCAAGGCCgg > 1:9819081/1‑150 (MQ=255) cTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGt < 1:4501405/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTc < 2:5320282/150‑1 (MQ=255) cgccgcGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTcc < 2:5997579/150‑1 (MQ=255) cgccgcGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTcc < 2:10678565/150‑1 (MQ=255) gccgcGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTccc < 1:7265381/150‑1 (MQ=255) ccgcGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGACATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCg > 2:11005021/1‑150 (MQ=255) gTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTg < 1:10035555/150‑1 (MQ=255) 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aCGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGtct > 1:5844731/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGtctc > 2:10138726/1‑150 (MQ=255) ggCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTcc < 1:10529721/150‑1 (MQ=255) gcgcCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTccc < 2:11142332/150‑1 (MQ=255) cgcCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTCCAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCGTCGGCGCCACCGATACCGCCGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCa < 2:1612363/150‑1 (MQ=255) cgcCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCATGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCa > 2:8097407/1‑150 (MQ=255) cAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGc < 1:7618345/150‑1 (MQ=255) aCCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCa > 2:897335/1‑150 (MQ=255) aCCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCa < 1:1175646/150‑1 (MQ=255) cTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGc < 1:5363608/150‑1 (MQ=255) tGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGca < 2:10316361/150‑1 (MQ=255) gCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGcac < 1:471000/150‑1 (MQ=255) gCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGcac < 1:7286002/150‑1 (MQ=255) aGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGcacca < 2:418583/150‑1 (MQ=255) gtggAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAg > 1:6185022/1‑150 (MQ=255) gtggAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAg < 1:8931856/150‑1 (MQ=255) tggAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTCGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAgc > 2:1883212/1‑150 (MQ=255) ggAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCTCCACCCAgcg > 1:9792283/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAgcgc < 1:6694639/150‑1 (MQ=255) ggcggcAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAg < 1:4799671/150‑1 (MQ=255) 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cGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGcgacga < 1:2210872/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACACAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGaa < 2:5231843/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAGGGCCGGTCCCGCCCGGGTGAGCGTCTCCCCCGCCGGCAACACCCCGCGCGAGGACCCGGGAGGCAACGTCTCCGGGGCGGGCAGGCGTGCCACCGACGGCGGCAACGGCGCCGGcgacggggg > 2:3403481/1‑146 (MQ=255) cAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTc < 1:41318/150‑1 (MQ=255) cAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTc > 2:4098597/1‑150 (MQ=255) aGCCCGGCGCGGAAATCCTCGTCCGCGCCGGACACGACAAGGTCGTGGTCACACACGCCAGATCCACACAGCACAAGTGACGCGAAGGCAGCGACTCGTGGGAGAAAATGGGTGCCGCCGACGGCGGCTGCGGCGCGGGcgacgagggga > 2:9292165/1‑145 (MQ=255) cccGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATc < 1:1351325/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATcc > 1:1074195/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCGAGCACCACCCAGGGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGTGATCATGCGTGCCTCCGACTTCGACAACGTCGCCGGCGACTAAGTCATCCTc < 2:2306649/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATCCTc < 2:725065/150‑1 (MQ=255) gcgGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATCCTCAGc > 2:1660525/1‑150 (MQ=255) gcgGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATCCTCAGc > 2:2575909/1‑150 (MQ=255) cgGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATCCTCAGCa < 1:8344491/150‑1 (MQ=255) cgGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATCCTCAGCa < 1:2047965/150‑1 (MQ=255) ggAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATCCTCAGCAt < 1:10213684/150‑1 (MQ=255) gAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATCCTCAGCATc > 1:2697539/1‑150 (MQ=255) aaaTCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATCCTCAGCATCg > 1:5190615/1‑150 (MQ=255) | CCTGCGGGGCAACGGCCAGCTCGCCGCGGTCTACCGCGACGGCGCCAACCTGCAGGTGGTGGAAGGCGGCAGCACCCGCAACTACAGCTTCGGCAACGTGGTCTGGTCGGTCTTCGGCGCCACCGATACCGACGGCCAGCCCGGCGCGGAAATCCTGGTCAAGGCCGGTCCCGACCTGGTGATCGTCTCCCACGCCAGCACCACCCAGCGCAAGTACCCGGTAGGCAACGTCTCCTGGGCGATCATGCGTGCCACCGACGTCGACAACGTCGCCGGCGACGAAGTCATCCTCAGCATCG > NC_008463/5935392‑5935690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |