| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_008463 | 5,460,283 | 0 | A | G | 26.1% | 1182.2 / inf | 522 | N1524N (AAT→AAC) | PA14_RS25000 | MBG domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (230/153); new base G (80/55); total (311/211) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 530 total aligned reads displayed.
GGGTCGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTACCCTGATAGTTCAGGGTGTAATTGCTGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGATAGGTCAGGCTCGGATCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGCCGTCGGCGATCACATTCAGCAGCGC > NC_008463/5460134‑5460432 | ggTCGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACAGTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTACCCTGATAGTTCAGGGTGTAATTGCTGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACAt < 1:1150456/150‑1 (MQ=255) ttCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTACCCTGATAGTTCAGGGTGTAATTGCTGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACAtt < 1:6167332/149‑1 (MQ=37) tCGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTACCCTGATAGGTCAGGGGGTAATTGCAGCTGACCAGGCCCAGGACTCCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATtc > 2:1637371/1‑150 (MQ=14) 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tACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGATAGGTCAGGCTCGGATCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGCCGTCGGCGATcaca > 2:1994090/1‑150 (MQ=255) cacGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGTTAGGTCAGGCTCGGCTCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCGTCGGCGATCACAtt < 2:4159667/150‑1 (MQ=12) acGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGATAGGTCAGGCTCGGATCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGCCGTCGGCGATCACATTc > 2:6564976/1‑150 (MQ=255) cGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGATAGGTCAGGCTCGGATCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGCCGTCGGCCATCACATTca > 1:2879702/1‑150 (MQ=255) ccGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGGTAGGTCAGGCTCGGATCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGCCGTCg > 1:4395360/1‑135 (MQ=37) 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1:4963959/150‑1 (MQ=255) aTTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGATAGGTCAGGCTCGGCTCGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGCCGTCGGCGATCACATTCAGCAgcgc > 2:1050887/1‑150 (MQ=21) | GGGTCGGCGTCGCCATAGACCTTGGTCTTGGCATCGGCGATCACATTCAGCAGCGCCTTGGTGATGGTCAGGTTATTACCCTGATAGTTCAGGGTGTAATTGCTGCTGACCAGGCCCAGTCCACCCTGGTTGATGCCGTACACGCCGACATTCTCGCCAGCCACGCGGCTCAGGCTGCCGCCGTTGAGCACGGCACCGGCGGTGTCGCCGTTCTTCAGGCCGCTGACCTGATAGGTCAGGCTCGGATCGGCATCGCCATAGACCTTGGTCTTGCCGTCGGCGATCACATTCAGCAGCGC > NC_008463/5460134‑5460432 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |