| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 2,885,933 | G→C | G71G (GGG→GGC) | gcvH → | glycine cleavage system protein GcvH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 2,885,933 | 0 | G | C | 99.8% | 1770.0 / NA | 459 | G71G (GGG→GGC) | gcvH | glycine cleavage system protein GcvH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (214/244); minor base A (1/0); total (215/244) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 459 total aligned reads displayed.
CGTCGGCATCACCGCCTACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGGGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTACGACCGCCT > NC_008463/2885786‑2886079 | gTCGGCATCACCGCCTACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAg > 1:10294530/1‑150 (MQ=255) gTCGGCATCACCGCCTACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAg < 2:3014952/150‑1 (MQ=255) cGGCATCACCGCCTACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAggt < 2:3296852/150‑1 (MQ=255) ggCATCACCGCCTACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAggtg > 1:5132170/1‑150 (MQ=255) cATCACCGCCTACGCCCATGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAggtggt < 2:9354235/150‑1 (MQ=255) aTCACCGCCTACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTa > 2:209928/1‑150 (MQ=255) cGCCTACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGAt < 1:4115653/150‑1 (MQ=255) cTACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCaa > 1:9780198/1‑150 (MQ=255) tACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTCGCGATCAac > 2:10530143/1‑150 (MQ=255) tACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAac < 2:8983064/150‑1 (MQ=255) tACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAac < 2:7730638/150‑1 (MQ=255) ccAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGAcgc < 1:5768301/150‑1 (MQ=255) cAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGAcgcg < 1:1052365/150‑1 (MQ=255) aGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACgcgc < 1:10008310/150‑1 (MQ=255) aGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACgcgc < 1:6149624/150‑1 (MQ=255) aCGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGc < 1:7738472/150‑1 (MQ=255) cGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGcc < 1:9197164/150‑1 (MQ=255) gCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCg < 1:9047405/150‑1 (MQ=255) cccTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCgg > 2:4755871/1‑150 (MQ=255) ggTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGcc < 1:4083240/150‑1 (MQ=255) gTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGccc < 2:5462132/150‑1 (MQ=255) gTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAAAATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAg < 2:3547169/150‑1 (MQ=255) tGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGc > 2:8110895/1‑150 (MQ=255) ggTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCt > 2:6624224/1‑150 (MQ=255) tCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCa > 2:726658/1‑150 (MQ=255) gTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAAc < 1:7904516/150‑1 (MQ=255) tGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCAGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAAcc > 2:7206276/1‑150 (MQ=255) cAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAg > 2:8274773/1‑150 (MQ=255) 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aaGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGaa < 2:8124519/150‑1 (MQ=255) ggCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACCCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGaaaa < 2:5284702/150‑1 (MQ=255) cgccAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAgct > 2:214518/1‑150 (MQ=255) cgccAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAgct < 2:466410/150‑1 (MQ=255) gccAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAgctg > 2:6485140/1‑150 (MQ=255) cAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAgctgct > 2:1565270/1‑150 (MQ=255) cAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAgctgct < 2:9248057/150‑1 (MQ=255) cAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAgctgct > 2:7972756/1‑150 (MQ=255) aCATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGAcc > 2:7912273/1‑150 (MQ=255) cATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCa < 2:7464373/150‑1 (MQ=255) cATCCTGATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCa < 1:8381100/150‑1 (MQ=255) gATGCCGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGgccgc < 2:373673/150‑1 (MQ=255) ccGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCtcc > 2:7421833/1‑148 (MQ=255) cGCTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTACg > 1:8804054/1‑150 (MQ=255) cTGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTACGAc > 2:2604185/1‑150 (MQ=255) tGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTACGAcc < 1:4705649/150‑1 (MQ=255) tGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTACGAcc > 1:5649519/1‑150 (MQ=255) tGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTACGAcc > 1:5950947/1‑150 (MQ=255) tGGACGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTACGAcc < 1:7353145/150‑1 (MQ=255) gACGGCGAGGTGGTAGCGAGCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCCGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTCCGACCGc > 2:10928450/1‑150 (MQ=255) aCGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTACGACCGcc > 1:3100100/1‑150 (MQ=255) aCGGCGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGGTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTACGACCGcc > 1:4533640/1‑150 (MQ=255) | CGTCGGCATCACCGCCTACGCCCAGGACGCCCTCGGTGACGTGGTATTCGTGCAGTTGCCGGAACTCGGCGAACACGCCGCCGGCAGTGAAGTGGCGGTGCTGGAGTCGGTCAAGGCCGCCAGCAACATCCTGATGCCGCTGGACGGGGAGGTGGTAGCGATCAACGACGCGCTGCCGGACGCCCCGGAGCTGGTCAACCAGGACCCACTCGGCGAGGCCTGGTTCTTCCGCTTCCGTCCGGCCGACGCCGGCGCCTGGGAAAAGCTGCTCGACCAGGCCGCCTACGACCGCCT > NC_008463/2885786‑2886079 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |