| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 5,514,060 | (G)5→4 | intergenic (+15/+136) | PA14_RS25260 → / ← PA14_RS25265 | tRNA‑Met/HigA family addiction module antitoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_008463 | 5,514,056 | 0 | G | . | 99.5% | 1798.8 / 0.4 | 372 | intergenic (+11/+140) | PA14_RS25260/PA14_RS25265 | tRNA‑Met/HigA family addiction module antitoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base . (189/178); minor base C (0/2); total (191/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 411 total aligned reads displayed.
GAAAATTATCTAGGCCCAGGGGTTGACAGCCCCGCCCGAGATACGGAAAATGCGCGCCACTCGGCTACATAGCTCAGTCGGTTAGAGCGCAGCATTCATAATGCTGATGTCCCAGGTTCAAGTCCCGGTGTAGCCACCATATTTTTCAAGGGGGTTAGCGCAAGCTAACCCCTTTTTGTTTTGGTCGGCAGACTACAAACCGACTACAAACCGTCTACGCCCCCTTTACCGATTTACGGTTCGCATGAAAAAGCCCCGCATCTGCGGGGCTCTACGATCAACGTCACCGCTATCC > NC_008463/5513907‑5514201 | gAAAATTATCTAGGCCCAGGGGTTGACAGCCCCGCCCGAGATACGGAAAATGCGCGCCACTCGGCTACATAGCTCAGTCGGTTAGAGCGCAGCATTCATAATGCTGATGTCCCAGGTTCAAGTCCCGGTGTAGCCACCATATTTTTCAAg > 2:1365599/1‑150 (MQ=255) aaaTTATCTAGGCCCAGGGGTTGACAGCCCCGCCCGAGATACGGAAAATGCGCGCCACTCGGCTACATAGCTCAGTCGGTTAGAGCGCAGCATTCATAATGCTGATGTCCCAGGTTCAAGTCCCGGTGTAGCCACCATATTTTTCAAggg > 2:3627/1‑150 (MQ=255) aaTTATCTAGGCCCAGGGGTTGACAGCCCCGCCCGAGATACGGAAAATGCGCGCCACTCGGCTACATAGCTCAGTCGGTTAGAGCGCAGCATTCATAATGCTGATGTCCCAGGTTCAAGTCCCGGTGTAGCCACCATATTTTTCAAgggg > 2:8795605/1‑150 (MQ=255) 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ttATCTAGGCCCAGGGGTTGACAGCCCCGCCCGAGATACGGAAAATGCGCGCCACTCGGCTACATAGCTCAGTCGGTTAGAGCGCAGCATTCATAATGCTGATGTCCCAGGTTCAAGTCCCGGTGTAGCCACCATATTTTTCAAggggtt < 1:5595958/150‑3 (MQ=255) aTCTAGGCCCAGGGGTTGACAGCCCCGCCCGAGATACGGAAAATGCGCGCCACTCGGCTACATAGCTCAGTCGGTTAGAGCGCAGCATTCATAATGCTGATGTCCCAGGTTCAAGTCCCGGTGTAGCCACCATATTTTTCAAggggttag > 1:5991734/1‑146 (MQ=255) tCTAGGCCCAGGGGTTGACAGCCCCGCCCGAGATACGGAAAATGCGCGCCACTCGGCTACATAGCTCAGTCGGTTAGAGCGCAGCATTCATAATGCTGATGTCCCAGGTTCAAGTCCCGGTGTAGCCACCATATTTTTCAA‑GGGGTTAgc < 1:9786582/150‑1 (MQ=255) tAGGCCCAGGGGTTGACAGCCCCGCCCGAGATACGGAAAATGCGCGCCACTCGGCTACATAGCTCAGTCGGTTAGAGCGCAGCATTCATAATGCTGATGTCCCAGGTTCAAGTCCCGGTGTAGCCACCATATTTTTCAA‑GGGGTTAgcgc > 2:2896927/1‑150 (MQ=255) tAGGCCCAGGGGTTGACAGCCCCGCCCGAGATACGGAAAATGCGCGCCACTCGGCTACATAGCTCAGTCGGTTAGAGCGCAGCATTCATAATGCTGATGTCCCAGGTTCAAGTCCCGGTGTAGCCACCATATTTTTCAA‑GGGGTTAgcgc > 1:5012442/1‑150 (MQ=255) 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ttCAA‑GGGGTTAGCGCAAGCTAACCCCTTTTTGTTTTGGTCGGCAGACTACAAACCGACTACAAACCGTCTACGCCCCCTTTACCGATTTACGGTTCGCATGAAAAAGCCCCGCATCTGCGGGGCTCTACGATCAACGTCACCGCTATcc < 2:3414464/150‑1 (MQ=255) ttCAA‑GGGGTTAGCGCAAGCTAACCCCTTTTTGTTGTGGTCGGCAGACTACAAACCGTCTACAATCCGTCTGCGCCAGCTTTACCGATTTACGGTTCGCTTGACAAAGCCCCGCTTCTGCGGGGCTCTACGATCACCGTCACCGCTATcc > 2:6125430/1‑150 (MQ=255) | GAAAATTATCTAGGCCCAGGGGTTGACAGCCCCGCCCGAGATACGGAAAATGCGCGCCACTCGGCTACATAGCTCAGTCGGTTAGAGCGCAGCATTCATAATGCTGATGTCCCAGGTTCAAGTCCCGGTGTAGCCACCATATTTTTCAAGGGGGTTAGCGCAAGCTAACCCCTTTTTGTTTTGGTCGGCAGACTACAAACCGACTACAAACCGTCTACGCCCCCTTTACCGATTTACGGTTCGCATGAAAAAGCCCCGCATCTGCGGGGCTCTACGATCAACGTCACCGCTATCC > NC_008463/5513907‑5514201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |