| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 2,985,345 | A→G | K2233E (AAA→GAA) | pvdD → | pyoverdine non‑ribosomal peptide synthetase PvdD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 2,985,345 | 0 | A | G | 99.8% | 1651.2 / NA | 425 | K2233E (AAA→GAA) | pvdD | pyoverdine non‑ribosomal peptide synthetase PvdD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (223/201); minor base T (0/1); total (223/202) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 429 total aligned reads displayed.
TGTTACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCAAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCACCGGTCAGGGTCGAAGCGTTCTGGAAC > NC_008463/2985198‑2985491 | tGTTACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCgaa > 2:4760353/1‑150 (MQ=255)tGTTACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCgaa > 1:8084110/1‑150 (MQ=255) gTTACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAg > 1:4492546/1‑150 (MQ=255) gTTACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAg > 1:2454811/1‑150 (MQ=255) ttACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAgg < 2:3563292/150‑1 (MQ=255) gtACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAgg < 1:3038263/149‑1 (MQ=255) aCAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAgggg < 1:10711125/150‑1 (MQ=255) aCAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAgggg < 1:391491/150‑1 (MQ=255) aaGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGtt < 1:6322523/150‑1 (MQ=255) aaGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGtt < 2:1214273/150‑1 (MQ=255) aGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGttt < 1:8877860/150‑1 (MQ=255) aCCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTc > 1:1288879/1‑150 (MQ=255) ccTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCaa > 1:1526635/1‑150 (MQ=255) gCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTg < 1:7699795/150‑1 (MQ=255) ccATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTgg > 1:4726493/1‑150 (MQ=255) cATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGc < 1:4830663/150‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCg < 1:2240011/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGa < 1:379590/150‑1 (MQ=255) gcTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATg < 2:5176185/150‑1 (MQ=255) tGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGTGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGt < 2:4086376/150‑1 (MQ=255) gCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTc > 2:1688780/1‑150 (MQ=255) gCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTc > 2:9333004/1‑150 (MQ=255) gggATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGc < 2:9829930/150‑1 (MQ=255) ggATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTTGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTTCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGTCGGGATGGTCGCt > 1:172221/1‑150 (MQ=255) tCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTcgg < 1:9126342/150‑1 (MQ=255) tCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTcgg < 2:1395982/150‑1 (MQ=255) cGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTcggc < 1:3375546/150‑1 (MQ=255) aTCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCa < 1:2014729/150‑1 (MQ=255) tCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGACGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCaa > 2:3894959/1‑150 (MQ=255) tCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCaa > 1:5492094/1‑150 (MQ=255) cGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGGGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAAcc < 1:10958748/150‑1 (MQ=255) ggTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCt > 2:3130140/1‑150 (MQ=255) gTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTg < 1:7538161/150‑1 (MQ=255) gTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTg > 1:7941989/1‑150 (MQ=255) cAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGc > 2:5259396/1‑150 (MQ=255) gggTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGCTATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCTGGAGCACCCCGATGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCGCGGGGGCAACCTGGCgat > 2:6303319/1‑150 (MQ=255) gggTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCgat > 2:7360652/1‑150 (MQ=255) tgtCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGt > 2:9247349/1‑150 (MQ=255) tgtCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGt < 2:2378915/150‑1 (MQ=255) cTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTcgc < 2:9042825/150‑1 (MQ=255) gCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCgg > 2:11170/1‑150 (MQ=255) gCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCgg < 2:8415494/150‑1 (MQ=255) gCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCgg < 1:8030791/150‑1 (MQ=255) 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ctgctgGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTg > 2:8174643/1‑150 (MQ=255) ctgGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGag < 2:5789377/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGagcag < 2:7724780/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTggg < 2:9611907/150‑1 (MQ=255) cgcgAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGggcgg < 1:7166021/150‑1 (MQ=255) gcgAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGggcggc < 1:5148602/150‑1 (MQ=255) aGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAgg < 2:5606764/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGt < 2:3687505/150‑1 (MQ=255) ccGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCt > 1:7608936/1‑150 (MQ=255) ggAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCttt > 1:6733302/1‑150 (MQ=255) 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ggTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGa < 2:4492546/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGa < 2:7953576/150‑1 (MQ=255) gTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGAt < 1:8475555/150‑1 (MQ=255) ttGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATg > 1:6483465/1‑150 (MQ=255) ttGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATg > 2:8945824/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |