| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_008463 | 2,040,296 | (G)10→11 | coding (148/1017 nt) | PA14_RS09495 → | glycosyltransferase family 4 protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_008463 | 2,040,286 | 1 | . | G | 94.9% | 1106.0 / 43.4 | 295 | coding (138/1017 nt) | PA14_RS09495 | glycosyltransferase family 4 protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/4); new base G (135/145); total (146/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
AGCATCAACAATAATGAACTTCTGGTTTTGGCTTCCCGTAGTTATGGGGCTTTCTTTAGTCTTGACCGGAGGTCTGCGTCGATACGCTTTGGCGCGTAGCTTGATGGACGTTCCCAATGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GT‑‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCATTGCGGTTCTTGGCTTTCTAGACGATCATGGCC > NC_008463/2040136‑2040431 | aacaaTAATGAACTTCTGGTTTTGGCTTCCCGTAGTTATGGGGCTTTCTTTAGTCTTGACCGGAGGTCTGCGTCGATACGCTTTGGCGCGTAGCTTGATGGACGTTCCCAATGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GT‑‑gggggg < 2:9542281/151‑1 (MQ=255) acaaTAATGAACTTCTGGTTTTGGCTTCCCGTAGTTATGGGGCTTTCTTTAGTCTTGACCGGAGGTCTGCGTCGATACGCTTTGGCGCGTAGCTTGATGGACGTTCCCAATGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GT‑‑ggggggg < 2:5592500/151‑1 (MQ=255) acaaTAATGAACTTCTGGTTTTGGCTTCCCGTAGTTATGGGGCTTTCTTTAGTCTTGACCGGAGGTCTGCGTCGATACGCTTTGGCGCGTAGCTTGATGGACGTTCCCAATGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GT‑‑ggggggg > 1:3515755/1‑151 (MQ=255) 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cAATGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCGATAGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCAt > 2:1172390/1‑151 (MQ=255) aaTGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCAtt < 2:1521725/151‑1 (MQ=255) aaTGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCAtt < 2:1671564/151‑1 (MQ=255) aTGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCATTg > 1:6484123/1‑151 (MQ=255) aTGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCATTg < 2:8781236/151‑1 (MQ=255) tGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCATTGc < 2:2881584/151‑1 (MQ=255) gCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGTTTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCATTGCGGTTCTTg > 2:10660772/1‑151 (MQ=255) ctctCACTCGGTACCTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCATTGCGGTTCTTgg > 1:10359153/1‑151 (MQ=255) ctcACTCGGTACCTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTAGGAGTTTGCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGGGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGGTGGTATTGGCATTGCGGTTCTTGGCt > 2:2178306/1‑151 (MQ=255) tcACGCGGTACCTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCATTGCGGTTCTTGGCtt < 2:6636102/151‑1 (MQ=255) 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aacTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCATTGCGGTTCTTGGCTTTCTAGACGa < 2:399475/149‑1 (MQ=255) cTACACCCC‑GTG‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCATTGCGGTTCTTGGCTTTCTAGACGATc > 2:1948776/1‑151 (MQ=255) | AGCATCAACAATAATGAACTTCTGGTTTTGGCTTCCCGTAGTTATGGGGCTTTCTTTAGTCTTGACCGGAGGTCTGCGTCGATACGCTTTGGCGCGTAGCTTGATGGACGTTCCCAATGCCCGTAGCTCTCACTCGGTACCTACACCCC‑GT‑‑GGGGGGGGGGT‑GGCTATCGTTATGAGTTTCCTACTGGTTTTGCTGATTCTGGCGGCCCTTGGTCAAGTGAGCTGGGACTATACGTGGGCGTTGCTAGGTGCTGGTATTGGCATTGCGGTTCTTGGCTTTCTAGACGATCATGGCC > NC_008463/2040136‑2040431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |