| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 3,390,485 | Δ1 bp | pseudogene (451/1997 nt) | PA14_RS15455 → | alkaline phosphatase D family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 3,390,483 | 0 | G | . | 99.6% | 2388.3 / 2.6 | 488 | pseudogene (449/1997 nt) | PA14_RS15455 | alkaline phosphatase D family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base . (218/266); minor base C (0/2); total (219/269) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 508 total aligned reads displayed.
GCCGCCGACGGCGGGGAGCCCGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCCGGGCGGCCGATGGGCCTGCTGCAGGTAGACCGGCTGCTGGAGGAAAACCTGCTGCAGGCCGAAAGCCGCCCGGCGTTGCTGATGATGAGCGGCGACCAGGTCTACGCCGACGACGTCGCCGGGCCGATGCTGGTGGCCATCCATGGGCTGATCCGCCG > NC_008463/3390332‑3390629 | ccgccgACGGCGGGGAGCCCGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGATgg > 1:5496036/1‑151 (MQ=255) cgccgACGGCGGGGAGCCCGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGATggc > 2:9687516/1‑150 (MQ=255) gccgACGGCGGGGAGCCCGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGATggcc < 1:5336323/151‑3 (MQ=255) 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ccGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGAT‑GGCCTGCTGCAGGTCGACCg < 1:10393128/151‑1 (MQ=255) ccGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGAT‑GGCCTGCTGCAGGTCGACCg < 1:8844473/151‑1 (MQ=255) ccGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGAT‑GGCCTGCTGCAGGTCGACCg > 1:210666/1‑151 (MQ=255) gcgGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGAT‑GGCCTGCTGCAGGTCGACCGgc < 2:9182857/151‑1 (MQ=255) cgGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGAT‑GGCCTGCTGCAGGTCGACCGgct > 2:3285623/1‑151 (MQ=255) 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ggcCGAT‑GGCCTGCTGCAGGTCGACCGGCTGCTGGAGGAAAACCTGCTGCAGGCCGAAAGCCGCCCGGCGTTGCTGATGATGAGCGGCGACCAGGTCTACGCCGACGACGTCGCCGGGCCGAGGCTGGTGGCCATCCATGGGCTGATccgc > 2:3451686/1‑151 (MQ=255) gcCGAT‑GGCCTGCTGCAGGTCGACCGGCTGCTGGAGGAAAACCTGCTGCAGGCCGAAAGCCGCCCGGCGTTGCTGATGATGAGCGGCGACCAGGTCTACGCCGACGACGTCGCCGGGCCGATGCTGGTGGCCATCCATGGGCTGATccgcc < 1:1346728/151‑1 (MQ=255) | GCCGCCGACGGCGGGGAGCCCGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCCGGGCGGCCGATGGGCCTGCTGCAGGTAGACCGGCTGCTGGAGGAAAACCTGCTGCAGGCCGAAAGCCGCCCGGCGTTGCTGATGATGAGCGGCGACCAGGTCTACGCCGACGACGTCGCCGGGCCGATGCTGGTGGCCATCCATGGGCTGATCCGCCG > NC_008463/3390332‑3390629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |