| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 96,401 | G→C | pseudogene (233/723 nt) | tagH ← | type VI secretion system‑associated FHA domain protein TagH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 96,401 | 0 | G | C | 99.8% | 2276.6 / NA | 595 | pseudogene (233/723 nt) | tagH | type VI secretion system‑associated FHA domain protein TagH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (251/342); minor base A (1/0); total (253/342) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 595 total aligned reads displayed.
GAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACAGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGTTGTCCAGCGTGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGACAGCGATAGGTGCGTCGGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑C‑A‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCGCCGGCCGTCGCGGCGGCGCTTGCCGGGGGCGTCGGCGCCGCCACGCTGG > NC_008463/96253‑96547 | gAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTg < 1:6768134/151‑1 (MQ=255) agcagcATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGc < 2:2702739/151‑1 (MQ=255) cagcaTGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCgg < 2:106806/151‑2 (MQ=255) 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gACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATc < 2:8030347/151‑1 (MQ=255) gACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATc < 2:725199/151‑1 (MQ=255) aCGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCt < 1:9676749/151‑1 (MQ=255) aCGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCt < 1:3046632/151‑1 (MQ=255) aCGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCt < 1:10328346/151‑1 (MQ=255) 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tggcccgcgcgcgcAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCgccgcc > 1:5344021/7‑151 (MQ=255) gcccgcgcgcgcAGCACGTCCACCAGTCCTTCCCCCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCgccgg < 1:2547049/147‑1 (MQ=255) cccgcgcgcgcAGCACGTCCTCCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCgccggc < 1:7604605/148‑1 (MQ=255) cccgcgcgcgcAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGTTAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCgccggc < 2:2145935/148‑1 (MQ=255) ccgcgcgcgcAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCgccggcc > 2:1476627/3‑151 (MQ=255) 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cGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTACGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCGCCGGCCGTCGCGGCGGCGCt < 1:1745277/151‑1 (MQ=255) tCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCGCCGGCCGTCGCGGCGGCGCTTg > 1:8828510/1‑151 (MQ=255) tCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGAAGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGTGTCGACCTT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCAGCAGCAGGTCGCCGCCGGCCGTCGCGGCGGCGCTTg < 2:3802085/151‑1 (MQ=255) caGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACGGT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCTGGTCGCCGCCGGCCGTCGCGGCGGCGCGTGCCggg > 2:4469526/1‑151 (MQ=255) gtccgtccACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCGCCGGCCGTCGCGGCGGCGCTTGCCggggg < 1:7275458/151‑1 (MQ=255) 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ccaGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑CAA‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCGACGGCCGTCGCGGCGGCGCTTGCCGGGGGCGTCGgcgc > 2:9766499/1‑151 (MQ=255) tAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCC‑A‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCGCCGGCCGTCGCGGCGGCGCTTGCCGGGGGCGTCGGCGCCGCCACgctgg > 1:10454240/1‑151 (MQ=255) | GAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACAGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGTTGTCCAGCGTGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGACAGCGATAGGTGCGTCGGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTT‑C‑A‑CTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCGCCGGCCGTCGCGGCGGCGCTTGCCGGGGGCGTCGGCGCCGCCACGCTGG > NC_008463/96253‑96547 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |