| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 96,360 | T→C | pseudogene (274/723 nt) | tagH ← | type VI secretion system‑associated FHA domain protein TagH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 96,360 | 0 | T | C | 99.8% | 2169.2 / NA | 567 | pseudogene (274/723 nt) | tagH | type VI secretion system‑associated FHA domain protein TagH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (244/322); minor base G (1/0); total (245/322) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 603 total aligned reads displayed.
CGATCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACAGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGTTGTCCAGCGTGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGACAGCGATAGGTGCGTCGGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTC‑ACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCGCCGGCCGT > NC_008463/96212‑96506 | aTCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCgcgcgcgc > 2:355451/1‑151 (MQ=255) aTCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCgcgcgcgc < 2:4373971/151‑1 (MQ=255) cgcCATGACCGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCCTGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCATCGGGTTGGTCTGCACCGGCTGGATCATGGACTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCACGCGCGCGCAGCACg < 2:5481372/151‑1 (MQ=255) aTGACCGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTcca < 2:9354188/151‑1 (MQ=255) tGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTccac < 2:7402617/151‑1 (MQ=255) cGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGt > 1:8177057/1‑151 (MQ=255) ccTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTcc < 2:5301206/151‑1 (MQ=255) ccTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTcc < 1:3495889/151‑1 (MQ=255) cTGGGTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCt < 2:9712269/151‑1 (MQ=255) ggTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTc > 2:8211565/1‑151 (MQ=255) tGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTccac > 1:7146381/1‑151 (MQ=255) tGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTccac > 1:6177762/1‑151 (MQ=255) tGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTccac < 1:4175884/151‑1 (MQ=255) tGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTccac < 1:1795878/151‑1 (MQ=255) cgcgGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAg > 2:8560198/1‑151 (MQ=255) gcagcaGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCcgcg < 2:8403942/151‑1 (MQ=255) cagcagGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGa > 1:8448502/1‑151 (MQ=255) agcagGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACCGGCTGGATCATGGACTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGAt < 1:3174193/151‑1 (MQ=255) 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tCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGcgcc < 1:680993/151‑1 (MQ=255) cTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGcgccg < 1:205702/151‑1 (MQ=255) tGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCGTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGcgccgc > 1:7522659/1‑151 (MQ=255) gcgcCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCcgcg < 2:6563460/151‑1 (MQ=255) gcCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCa < 1:9314495/151‑1 (MQ=255) cATGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAgg < 2:10517794/151‑1 (MQ=255) aTGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCCTCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGa > 2:10664476/1‑151 (MQ=255) tGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGaa > 1:2422694/1‑151 (MQ=255) tGCGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGaa < 1:10698371/151‑1 (MQ=255) cGGAACTCGCCCTTCGGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACg > 2:381094/1‑151 (MQ=255) cGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACg > 2:6257811/1‑151 (MQ=255) cGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACg < 1:6683453/151‑1 (MQ=255) cGGAACTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCGTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACg < 2:5584398/151‑1 (MQ=255) aCTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTg > 1:7432464/1‑151 (MQ=255) cTCGCCCTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTgc > 1:3269657/1‑151 (MQ=255) cTTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAgg < 1:10584111/151‑1 (MQ=255) cNTCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAgg > 1:5791751/1‑151 (MQ=255) ttCAGGCTGGCCCGCGCGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGt > 2:7723370/1‑151 (MQ=255) ctggcccgcgcgcgcAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTcgccgc < 2:337275/144‑1 (MQ=255) tggcccgcgcgcgcAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCgccgcc > 1:5344021/7‑151 (MQ=255) gcccgcgcgcgcAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCgccgg < 1:4372607/147‑1 (MQ=255) cccgcgcgcgcAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGGCCGCGATAGCTGCGGCCGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTCAACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCgccggc < 2:157166/148‑1 (MQ=255) | CGATCCGGCGCCATGAACGCCTGGTTGTCGCGGCGCAGCAGGAGCAGCATGGCTTCGTCGACGTTCGGCGCGAACTTCAGCGGGTTGTTCTGCACAGGCTGGATCATGGTCTGCGCCATGCGGAACTCGCCCTTCAGGTTGTCCAGCGTGCGCAGCACGTCCACCAGTCCTTCCACCAGACAGCGATAGGTGCGTCGGATGGCTTCCATCTGCGCTTCGGCGCCGGCCGGGTCGACCTTC‑ACTGGGTCATGCCGGCGCCGCGCAGGAACGCCTGCAGCAGGTCGCCGCCGGCCGT > NC_008463/96212‑96506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |