| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 3,390,498 | A→C | pseudogene (464/1997 nt) | PA14_RS15455 → | alkaline phosphatase D family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 3,390,498 | 0 | A | C | 99.8% | 1676.4 / NA | 427 | pseudogene (464/1997 nt) | PA14_RS15455 | alkaline phosphatase D family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (205/220); total (207/220) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 427 total aligned reads displayed.
AGCCCGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCCGGGCGGCCGATGGGCCTGCTGCAGGTAGACCGGCTGCTGGAGGAAAACCTGCTGCAGGCCGAAAGCCGCCCGGCGTTGCTGATGATGAGCGGCGACCAGGTCTACGCCGACGACGTCGCCGGGCCGATGCTGGTGGCCATCCATGGGCTGATCCGCCGCCTCGGCCTGTACGGC > NC_008463/3390348‑3390645 | aGCCCGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGAT‑GGCCTGCTGCAGGTCGa > 1:5863432/1‑151 (MQ=255) cccGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGAT‑GGCCTGCTGCAGGTCGAcc < 1:7810609/151‑1 (MQ=255) cccGCGGGAATCGCCGAATGGGCGCCGCATCTGCTCTACCCCGGTCGCCAGCGCGCCAGCCTGGTGCTCAAGCCACGTCTCGACCAGTTGCTCCACGGCTCCTGCCGCAAGCCGCATCACCC‑GGCGGCCGAT‑GGCCTGCTGCAGGTCGAcc < 1:1589128/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |