| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 1,082,923 | Δ1 bp | pseudogene (230/2518 nt) | hrpB → | ATP‑dependent helicase HrpB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 1,082,921 | 0 | G | . | 99.3% | 2017.0 / 7.8 | 415 | pseudogene (228/2518 nt) | hrpB | ATP‑dependent helicase HrpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base . (207/203); minor base T (3/0); total (211/204) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 445 total aligned reads displayed.
AGCCCCGCCGGGTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAAGGGTCGGCGAGACCGTCGGCTACGGGATCCGCCTGGAAAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGCCCGTCGCCTGCAAGACGACCCGGCGCTGGACGGTGTCGGCCTGGTGATCTTCGACG > NC_008463/1082771‑1083067 | aGCCCCGCCGGGTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCAGCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAAg > 2:6650936/1‑151 (MQ=255) gCCCCGCCGGGTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAAgg < 2:7588454/151‑1 (MQ=255) ccccGCCGGGTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAAggt > 1:6747115/1‑150 (MQ=255) ccccGCCGGGTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAAggt < 2:7132731/151‑2 (MQ=255) cccGCCGGGTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAAggtc < 2:3114955/151‑3 (MQ=255) cccGCCGGGTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAAggtc > 2:5774596/1‑149 (MQ=255) ccgGGTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCg > 1:9126789/1‑151 (MQ=255) ccgGGTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCg > 1:4987191/1‑151 (MQ=255) gggTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCgag < 1:8509203/151‑1 (MQ=255) gTGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGAc < 2:89921/151‑1 (MQ=255) tGCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGAcc < 1:9973273/151‑1 (MQ=255) gCCGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCg > 1:5753581/1‑151 (MQ=255) cGGCAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTc > 1:8416854/1‑151 (MQ=255) ggCCAGACCCCCCGGGTGCCGCGGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCg < 2:2014544/151‑1 (MQ=255) cAAGACCACCCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGc < 2:4733159/151‑1 (MQ=255) caccCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCACCGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCGGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACcgg < 2:8674501/151‑1 (MQ=255) caccCGGGTGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACcgg > 2:5879417/1‑151 (MQ=255) tGCCGCTGGCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCt < 1:590505/151‑1 (MQ=255) ggCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGc < 1:8025133/151‑1 (MQ=255) gCCCTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCa > 2:6142877/1‑151 (MQ=255) cccTGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAg < 1:7804132/151‑1 (MQ=255) tGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGt > 2:947830/1‑151 (MQ=255) tGCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGt > 1:6305677/1‑151 (MQ=255) gCTCGACGAGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAACA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTc < 2:9617569/151‑1 (MQ=255) ccacgaGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGc > 2:1416061/3‑151 (MQ=255) gacgaGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGcc < 2:4995387/151‑1 (MQ=255) acgaGCCCTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGccc > 2:6309510/1‑151 (MQ=255) cccTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGa < 2:422862/151‑1 (MQ=255) ccTGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGAc > 2:9308247/1‑151 (MQ=255) cTGTCTCGCCGGCCTACGCAGCCTCCTGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGAGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGAcc < 1:150356/151‑1 (MQ=255) tGGCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGAccc < 1:6901712/151‑1 (MQ=255) ggCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCg > 1:6977742/1‑151 (MQ=255) gCTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTAGAACCGCGCCGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTTCCGGATCCGCCTGGAGAGCACGGTCGGCCCGCCGACCCGc < 2:7727581/151‑1 (MQ=255) cTCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCa > 1:10010369/1‑151 (MQ=255) tCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCAt < 1:2451808/151‑1 (MQ=255) tCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCAt < 2:7402389/151‑1 (MQ=255) tCGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCAt < 1:4714081/151‑1 (MQ=255) cGCCGGCCAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATc < 2:10285574/151‑1 (MQ=255) 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cAACGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTgg > 1:9420274/1‑151 (MQ=255) aaCGCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCG‑AAAGGGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGt > 2:8150395/1‑151 (MQ=255) gCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCAc < 1:8688266/151‑1 (MQ=255) gCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCAc > 2:557957/1‑151 (MQ=255) gCATCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCAc < 2:10455304/151‑1 (MQ=255) aTCCTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCg < 1:7361938/151‑1 (MQ=255) ccTCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAg < 1:5381010/151‑1 (MQ=255) tCATGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAggg < 2:33705/151‑1 (MQ=255) aTGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTa > 1:5211703/1‑151 (MQ=255) aTGCTCGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTa > 1:3587800/1‑151 (MQ=255) 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cGAACCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCtt < 2:1641016/151‑1 (MQ=255) aCCGCGACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGcc < 2:3799188/151‑1 (MQ=255) gACGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGCCCGTCg < 1:6630513/151‑1 (MQ=255) aCGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCCCGAAGACCCGCATCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGCCCGTCGc < 1:3043034/151‑1 (MQ=255) cGCCTGGCGGCGCGGGCCGCGGCCGAGCGGCTGGCCGCCGAGCTGGGCGAAAA‑GGTCGGCGAGACCGTCGGCTACCGGATCCGCCTGGAGAGCAGGGTCGGCGCGAAGACCCGCTTCGAAGTGGTCACCGAGGGTATCCTTGCCCGTCGcc > 1:519757/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |