| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 1,280,717 | (C)6→5 | intergenic (‑46/+41) | PA14_RS06005 ← / ← PA14_RS06010 | DUF4345 domain‑containing protein/M23 family metallopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_008463 | 1,280,712 | 0 | C | . | 99.8% | 2280.5 / ‑3.7 | 461 | intergenic (‑41/+46) | PA14_RS06005/PA14_RS06010 | DUF4345 domain‑containing protein/M23 family metallopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (275/185); minor base T (0/1); total (275/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 496 total aligned reads displayed.
TCGCCGCTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGCCCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGGCGC > NC_008463/1280562‑1280858 | gccgcTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccc > 2:9056806/1‑151 (MQ=255) cgcTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccc > 1:9708859/1‑151 (MQ=255) cgcTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccc > 1:7581689/1‑151 (MQ=255) cTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGTCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGTAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTATACCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccctg > 2:1867367/1‑149 (MQ=255) cTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccctg < 2:4017759/151‑3 (MQ=255) cTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccctg > 2:7917764/1‑149 (MQ=255) ggTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccctgtt < 2:5868241/151‑5 (MQ=255) ggTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccctgtt < 2:609478/151‑5 (MQ=255) gTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTc < 1:10086193/151‑1 (MQ=255) tGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGccccctgttgg > 1:2580426/1‑145 (MQ=255) gAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCt > 2:9648352/1‑151 (MQ=255) aGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTg > 1:7242487/1‑151 (MQ=255) ggAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCC‑AGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGAcc > 2:6948074/1‑151 (MQ=255) gAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGAcc > 1:6135721/1‑151 (MQ=255) ggCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTc > 1:3034061/1‑151 (MQ=255) gAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGc > 1:8091401/1‑151 (MQ=255) gAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGc > 2:8666437/1‑151 (MQ=255) aGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGcc < 1:3801603/151‑1 (MQ=255) 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cGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAg > 1:9385889/1‑151 (MQ=255) ggTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGt > 1:3168747/1‑151 (MQ=255) gtCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCa > 1:5773211/1‑151 (MQ=255) tcCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCAtgt > 1:2226793/1‑151 (MQ=255) cccTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCAtgtg > 2:6194695/1‑151 (MQ=255) cccTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCAtgtg > 1:1677027/1‑151 (MQ=255) cTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCg > 2:1508089/1‑151 (MQ=255) ggTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTc < 1:4190899/151‑1 (MQ=255) ggTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTc > 1:1923768/1‑151 (MQ=255) ggTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTc > 2:10187888/1‑151 (MQ=255) 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cGACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGgc < 2:2611495/151‑1 (MQ=255) gACGCG‑CCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGgcg > 1:7430103/1‑151 (MQ=255) | TCGCCGCTGGTGAGCAGGGAGGCGAGCGGGCCGGGGAAGAAGACGAAGCCCAGGCCGAGGACCACGAACAGTGCCGAGCACAGCCAGAGCAGGCGAAGCGGGTGAGTCATGCGGTGTCTCCCTTGGTCATGAAAGGGGCGCATCGACGCGCCCCCCTGTTCCTTCTGACCTCAGCCGGCGCCGCGTTGCTCACTTCTCAGGGCTGGAAGGCACCGATGAAGATCGCCGGGTCGACCCGCGCGTCGTTCAGGCTGACGTTCCAGTGCATGTGCGGTCCGGTGGCCCTGCCGGTGGCGC > NC_008463/1280562‑1280858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |