Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_008463 | 2,985,345 | A→G | K2233E (AAA→GAA) | pvdD → | pyoverdine non‑ribosomal peptide synthetase PvdD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_008463 | 2,985,345 | 0 | A | G | 99.8% | 1922.6 / ‑4.3 | 478 | K2233E (AAA→GAA) | pvdD | pyoverdine non‑ribosomal peptide synthetase PvdD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (235/242); total (236/242) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 484 total aligned reads displayed.
CTGTTACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCAAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCACCGGTCAGGGTCGAAGCGTTCTGGAACG > NC_008463/2985197‑2985492 | aCAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGt > 1:427061/1‑151 (MQ=255) cAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGtt < 1:7517078/151‑1 (MQ=255) cAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGtt > 1:9437175/1‑151 (MQ=255) cAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGtt < 2:4385014/151‑1 (MQ=255) aaGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGTAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGttt > 1:8519264/1‑151 (MQ=255) aaGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGttt > 1:8211416/1‑151 (MQ=255) aaGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGttt < 2:2299369/151‑1 (MQ=255) aaGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGttt < 1:599044/151‑1 (MQ=255) aGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGtttt < 1:6516336/151‑1 (MQ=255) gACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTc < 2:8883250/151‑1 (MQ=255) aCCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCa < 2:5259249/151‑1 (MQ=255) aCCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCa < 1:274248/151‑1 (MQ=255) cccTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCaa < 2:7381520/151‑1 (MQ=255) ccTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGTTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAAc < 2:4828145/151‑1 (MQ=255) cTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAAcc < 1:1096171/151‑1 (MQ=255) tCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCt < 1:8396247/151‑1 (MQ=255) tCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCt > 1:5206366/1‑151 (MQ=255) cGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTg > 2:7871912/1‑151 (MQ=255) 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gATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTcg < 1:5614792/151‑1 (MQ=255) aTCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTcgg < 1:10381377/151‑1 (MQ=255) aTCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTcgg < 2:7734437/151‑1 (MQ=255) tCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTcggc < 2:10588870/151‑1 (MQ=255) cGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTcggcg < 1:1015049/151‑1 (MQ=255) cGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTcggcg < 1:10052842/151‑1 (MQ=255) aTCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCaa > 2:1658611/1‑151 (MQ=255) tCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAAc > 2:3054133/1‑151 (MQ=255) tCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAAc > 1:5907015/1‑151 (MQ=255) ccGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAAcc > 1:3151344/1‑151 (MQ=255) cGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCt > 2:9872688/1‑151 (MQ=255) ggTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTg > 1:7934278/1‑151 (MQ=255) gTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTgg < 2:8501543/151‑1 (MQ=255) tCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGc < 1:9987637/151‑1 (MQ=255) tCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGc < 2:46888/151‑1 (MQ=255) 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ttGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATgc < 1:3363208/151‑1 (MQ=255) ggAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCg > 1:729885/1‑151 (MQ=255) gAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCgg < 2:1388151/151‑1 (MQ=255) aaTACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGc > 1:9632075/1‑151 (MQ=255) cGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCACCGGTc > 1:1919671/1‑151 (MQ=255) 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aCCCCGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCACCGGTCAGGGTCGAAGCGTTCTGGaa < 1:1346740/151‑1 (MQ=255) ccccGAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCACCGGTCAGGGTCGAAGCGTTCTGGAAc > 1:4409693/1‑151 (MQ=255) | CTGTTACAAGACCCTCGCCATGGCGCTGCGGGATCGTCATCCGGTCAAGGGTGTTGTCTGCCGTGCCCTGCTGGGCGCTGGTCGCGAGGTGCCGGAGTGGGACGATATGGTTGCGGAATACGCCGAGCAATTGCTGCAGGAGCACCCCAAAGGGGTTTTCAACCTGGCGGGATGGTCGCTCGGCGGCAACCTGGCGATGGATGTCGCGGCCCGGCTGGAGCAGCGTGGGCGGCAGGTGGCTTTCGTCGGCTGGATCGATGCGCCGGCACCGGTCAGGGTCGAAGCGTTCTGGAACG > NC_008463/2985197‑2985492 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |