| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_008463 | 5,395,476 | (G)5→4 | intergenic (‑109/+44) | PA14_RS24730 ← / ← PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 5,395,472 | 0 | G | . | 98.9% | 1758.6 / 7.0 | 362 | intergenic (‑105/+48) | PA14_RS24730/PA14_RS24735 | hypothetical protein/ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/4); new base . (176/182); total (176/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
TCAGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGAGGGGCGGGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTCGCCGCGGCCTTGTCCTTCGCCGCGACGGTCTCTTTCTCCGCCGGCTTGTCCTTTTCCTTGTCGTCCTCTTCCATGCCGAGTTCGGA > NC_008463/5395325‑5395618 | aGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggct > 2:8465936/1‑148 (MQ=255) aGCCCCAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGCggggct > 1:8005893/1‑148 (MQ=255) cccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTc > 2:2108933/1‑150 (MQ=255) ccAGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTcc < 2:10762614/150‑1 (MQ=255) aGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAg < 2:9008520/150‑1 (MQ=255) aGACAAGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAg > 1:5726371/1‑150 (MQ=255) ccaGGGCGGATGAGGCAGAGGGTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTATTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGccc < 2:4234400/148‑1 (MQ=255) aaGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGcccc > 2:10497547/1‑150 (MQ=255) aGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACTCCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCg < 1:395064/150‑1 (MQ=255) aGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCg > 2:9128551/1‑150 (MQ=255) aGGGCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCg > 1:3303960/1‑150 (MQ=255) gggCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGc < 2:4609562/150‑1 (MQ=255) gggCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGc > 1:9523466/1‑150 (MQ=255) ggCGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCAGCCGCCAGGGTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGcc < 1:10395150/150‑1 (MQ=255) cGGATGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGccca < 1:539432/150‑2 (MQ=255) tGAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGc > 1:3057702/1‑150 (MQ=255) gAGGCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCa > 2:7523935/1‑150 (MQ=255) tggCAGTGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAg < 2:9714192/149‑1 (MQ=255) ggCAGAGGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAgg > 2:8326307/1‑150 (MQ=255) agtggTTCCGCGGCTTGGCGGCATCCTCCGGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCGGCCGCCTGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGTAATTTGCCCACAGGGCTTAAACGCACG‑CGGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTc < 1:3355005/147‑1 (MQ=255) agagGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTc > 2:7597639/1‑150 (MQ=255) agagGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTc > 2:7450906/1‑150 (MQ=255) gagGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTcc > 1:7835414/1‑150 (MQ=255) agGTTACGCGGCATGGCGGCATCCTAACGGGGGTT‑CCCAGATTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGAGCCGGAGGGAACTTGTCAACATGGCTGAAACGCACTA‑GGGC‑GGGGCTTTACAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCg > 2:10717004/1‑150 (MQ=255) gcgGCATGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAAcgc > 1:9146329/1‑150 (MQ=255) ggcggggcggcACCCACACGGGGGTT‑CCCATTTTTGCGCCTACACCGGCCGCCTGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGCCCACAGGGCTGAACCGCACG‑CGGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACgcgc < 1:7678943/145‑1 (MQ=255) aTGGCGGCATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCgg > 2:5963998/1‑150 (MQ=255) ggcggcATCCTCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTCCACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTGGTCCACAGGGCTGAACCGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGAc < 2:1100679/150‑1 (MQ=255) 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tCACGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCcttc > 2:549421/1‑150 (MQ=255) acagggggTTACCCATTTTTGAGCCAACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATCGCGCGGGCGGTAACTTGTCCACTGGGCTTAAACGCACGTGGG‑‑GGGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCcttc < 1:8419132/147‑1 (MQ=255) aCGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCcttctt > 1:10007522/1‑150 (MQ=255) cGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCCGTCCttcttc > 1:1109628/1‑150 (MQ=255) cGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCttcttc > 1:6076442/1‑150 (MQ=255) cGGGGGTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCAttcttc > 2:4396188/1‑150 (MQ=255) gggggTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcg > 1:3753747/1‑150 (MQ=255) ggggTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgc > 1:9340611/1‑150 (MQ=255) gggTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgcc > 2:3584388/1‑150 (MQ=255) gTT‑CCCAGTTTTGAGCCTACACCTGCCGCCAGGTTCCGCATAGCGCCGGCGGGAACTTGTCCACAGGGCTGAAACGCACGA‑GGGC‑GGGGCTTTCCAGCCCCGCCCTCGGCAGGTTCCGGCAACGCGCCGGACTCAGTCCTTCTTcgccgc < 2:5859245/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |