Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_008463 | 2,594,625 | Δ1 bp | coding (1041/1350 nt) | nuoF ← | NADH‑quinone oxidoreductase subunit NuoF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_008463 | 2,594,622 | 0 | G | . | 98.3% | 2279.2 / 37.9 | 482 | coding (1044/1350 nt) | nuoF | NADH‑quinone oxidoreductase subunit NuoF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/6); new base . (236/235); total (240/242) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
Only 100 of 506 total aligned reads displayed.
CAGTTGCTTGAGGGTCTCGAGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCAGGGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCAGGGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCATGGGCCAGGCCGGTGCCCATCCGGGTGCCGACCTTGGCGATGCCGCCGGCGAACATCTGCGCATCCAGGTGCTCCGGGAGCAGGAAGCCGGTACCGGCGCCGCCGGGCTGCCA > NC_008463/2594472‑2594768 | ttGAGGGTCTCGAGGTCGCCGGGCTGGCCGTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCTGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAAcc < 2:3851954/150‑1 (MQ=255) tGAGGGTCTCGAGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCa < 2:7685038/150‑1 (MQ=255) tGAGGGTCTCGAGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCa < 1:1987253/150‑1 (MQ=255) gggTCTCGAGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGt > 1:7653882/1‑150 (MQ=255) gggTCTCGAGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGt < 1:5716439/150‑1 (MQ=255) ggTCTCGAGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGtt < 1:1575733/150‑1 (MQ=255) ctcGAGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGAt < 1:1711597/150‑1 (MQ=255) tcGAGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATg > 1:10200715/1‑150 (MQ=255) cGAGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGc < 1:4492837/150‑1 (MQ=255) gAGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCt < 2:7773309/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGACCTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTg > 1:901541/1‑150 (MQ=255) aGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTg < 1:4280886/150‑1 (MQ=255) aGGTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTg > 1:3867266/1‑150 (MQ=255) gTCGCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTgtc < 1:2289970/150‑1 (MQ=255) gCCGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTgtcgtc > 2:10541551/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCa < 2:5993519/150‑1 (MQ=255) cGGGCTGGCCTTCGCCACGCTCGTGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCa < 2:7348669/150‑1 (MQ=255) gggCTGGCCTTCGCCACGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCAc < 1:4657319/150‑1 (MQ=255) 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aCGCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGcc > 2:4161248/1‑150 (MQ=255) gCTCTAGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCgg > 2:1508288/1‑150 (MQ=255) aGGGCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGccc < 1:7000109/150‑1 (MQ=255) gggCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCa < 1:8299762/150‑1 (MQ=255) gggCGCGCAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCa > 1:10904130/1‑150 (MQ=255) cgcgcAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCATcc > 1:7911562/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCATCCg < 1:9946051/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCATCCg < 1:3286204/150‑1 (MQ=255) cgcAGCAGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCATCCgg > 1:4312698/1‑150 (MQ=255) gcagcaGCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCATCCggg < 1:2727820/150‑1 (MQ=255) cagcagCTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCATCCGGGt > 2:365274/1‑150 (MQ=255) agcagcTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCATCCGGGTg < 1:10842020/150‑1 (MQ=255) agcagcTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCAGGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCATCCGGGTg > 2:6719715/1‑150 (MQ=255) gcagcTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCATCCGGGTGc > 2:5162350/1‑150 (MQ=255) cagcTTCACGCTCCACGGCAGGCCGTCGCGGCA‑GGGGGTGCACCAGCCGCAGGACTCGCGGGCGAAGAACTCTTCCATGTTGCGCAGCA‑GGGAAACCATGTTGATGCTGTCGTCCACCGCCAT‑GGCCAGGCCGGTGCCCATCCGGGTGcc > 2:9633313/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |