| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_008463 | 5,536,163 | 0 | G | A | 52.3% | 242.6 / inf | 394 | intergenic (‑12/+132) | rrf/PA14_RS25360 | 5S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (87/101); new base A (91/115); total (178/216) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 401 total aligned reads displayed.
ACTACCATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCGGTTCATGCGAACTTTCGGTTCGTCGACTTCACCTTACAACACACAATCGTCAGATTGTTTGGGTGTTATATGGTCAAGCCTCACGGG > NC_008463/5536074‑5536312 | acTACCATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCGTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTg > 1:2062567/1‑150 (MQ=11) aCCATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCgg > 2:10495608/1‑150 (MQ=32) ccATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCGGt < 2:2140802/150‑1 (MQ=33) ccATCGGCGATGCGTCGTTTCACTTCTGAGTTCGGGAAGGGATCAGGTGGTTCCAACGCTCTATGATCGTCAAGCAATTCGGTTGGATATCCGTTCGCTTGGGCTTACGTCTATCCGGATTCAGGTATGTGATTTCAAGGTGTTTGCGGt < 2:8696514/150‑1 (MQ=33) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |