| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_008463 | 2,807,266 | G→C | V137L (GTG→CTG) | PA14_RS13175 → | leucine‑rich repeat‑containing protein kinase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_008463 | 2,807,266 | 0 | G | C | 99.8% | 1832.9 / NA | 469 | V137L (GTG→CTG) | PA14_RS13175 | leucine‑rich repeat‑containing protein kinase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (233/234); minor base A (0/1); total (234/235) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 482 total aligned reads displayed.
GCCGACTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGGTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCTGATG > NC_008463/2807119‑2807412 | ccGACTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGa > 2:7435197/1‑150 (MQ=255) ccGACTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGGTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGAGGGCGACTGTCCGGCGCTGa > 1:4030122/1‑150 (MQ=255) cGACTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAg < 1:8609085/150‑1 (MQ=255) 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aGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCt > 2:5381226/1‑150 (MQ=255) gCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCaa > 1:8226014/1‑150 (MQ=255) aaCCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTcc > 2:6500575/1‑150 (MQ=255) aaCCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTcc < 2:6988981/150‑1 (MQ=255) aCCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCCACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCCTGGTCGGCTTCAAGTCCa > 2:3562956/1‑150 (MQ=255) 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cTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGcc > 1:10589570/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGccc > 1:5609289/1‑150 (MQ=255) gCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAg < 1:4640185/150‑1 (MQ=255) ccGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAgg > 1:1496100/1‑150 (MQ=255) ccGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAgg > 2:6104786/1‑150 (MQ=255) gAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGaa > 1:4921428/1‑150 (MQ=255) gCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGGATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTggg < 1:10930085/150‑1 (MQ=255) ccGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGt < 2:9865802/150‑1 (MQ=255) ccGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGt < 1:776180/150‑1 (MQ=255) cggcggcggTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTc > 2:4818956/1‑150 (MQ=255) gcggcggTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCgc > 2:1437526/1‑150 (MQ=255) gcggcggTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCgc > 1:8072541/1‑150 (MQ=255) cggcggTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCgcc < 1:2488311/150‑1 (MQ=255) cggTGGGCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCgccggc < 1:5741806/150‑1 (MQ=255) ggCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTg < 1:524437/150‑1 (MQ=255) gCGACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGACCTGGGTCGCCGGCCGTTGc > 1:9450090/1‑150 (MQ=255) gACTGTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAATCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAg > 1:10426248/1‑150 (MQ=255) gTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGc > 1:9850530/1‑150 (MQ=255) gTCCGGCGCTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGc < 1:9139274/150‑1 (MQ=255) ggcgcTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCTGAt > 1:4876437/1‑150 (MQ=255) gcgcTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCTGATg < 2:10077945/150‑1 (MQ=255) gcgcTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCTGATg > 2:9056846/1‑150 (MQ=255) | GCCGACTCCCTGGAGGTGCTCAACCTCAGCGGCAACGCCCTGGACAGCCTGCCGGACGACCTCGGCCGGCTGCATCGTCTCAAGGTGCTGTTCTGTTCCGCCAACGACTTCGCCGAATTGCCGGCGGCGGTGGGCGACTGTCCGGCGGTGAGCATGGTCGGCTTCAAGTCCAACCGCATCGAGCGGGTGCCGGCCGCGGCCCTGCCGCCGGCGTTGCGCTGGCTGATCCTCACCGACAACCGGATTGCCACGCTGCCCGAGGAACTGGGTCGCCGGCCGTTGCAGAAGCTGATG > NC_008463/2807119‑2807412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |